乐仁释 发表于 2016-10-25 20:39:28

Ice_cream 发表于 2016-10-25 19:51
"这个问题说明处理的top文件有问题。因为我的体系里面活性口袋内的水分子 参与作用且活性口袋是疏水的，所 ...

此外，mmpbsa.in,不加那个strip

Ice_cream 发表于 2016-10-25 22:09:07

乐仁释 发表于 2016-10-25 20:37
你试试这个命令吧：
ante-MMPBSA.py -p com_wat.prmtop -c com.prmtop -s ":129-9054" --radii=mbondi2
a ...

非常感谢您的回复，使我受益匪浅，我还有一点不是很清楚。
根据您的描述：体系里面活性口袋内的水分子 参与作用且活性口袋是疏水的，所以在刚开始处理蛋白的时候保留了水分子。
在这一步“ante-MMPBSA.py -p com_wat.prmtop -c com.prmtop -s ":129-9054" --radii=mbondi2”中，您是把
相当于受体的一部分且参与作用的重要水分子删除了吗？这样的话，原先保留这个水分子岂不是没有意义了？

Ice_cream 发表于 2016-10-25 22:26:42

Ice_cream 发表于 2016-10-25 22:09
非常感谢您的回复，使我受益匪浅，我还有一点不是很清楚。
根据您的描述：体系里面活性口袋内的水分子 参 ...

此外，在文件com_wat.prmtop如何查看蛋白和分子编号，是不是查看原始PDB文件是可以看到的？

Ice_cream 发表于 2016-10-26 09:23:20

请楼主看一下，我的程序，不知道哪里出了问题？

Ice_cream 发表于 2016-10-26 09:24:28

下面是正式执行时，出现的问题

乐仁释 发表于 2016-11-11 16:54:30

Ice_cream 发表于 2016-10-25 22:26
此外，在文件com_wat.prmtop如何查看蛋白和分子编号，是不是查看原始PDB文件是可以看到的？ ...

嗯，是根据pdb来看的编号

乐仁释 发表于 2016-11-11 16:55:57

Ice_cream 发表于 2016-10-25 22:09
非常感谢您的回复，使我受益匪浅，我还有一点不是很清楚。
根据您的描述：体系里面活性口袋内的水分子 参 ...

这个我不知道该如何回答您，建议看看算mmpbsa官网的教程，以及它的原理什么的

乐仁释 发表于 2016-11-11 16:58:45

Ice_cream 发表于 2016-10-26 09:24
下面是正式执行时，出现的问题

提示top有问题，先检查下编号那些有没有弄错什么的

乐仁释 发表于 2016-11-11 16:59:57

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本帖最后由 乐仁释 于 2016-11-12 10:00 编辑

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yuanlinchen 发表于 2018-2-7 21:05:22

您好，请问您当初计算MMPBSA总出现com.prmtop出错是怎么解决的呢？谢谢。
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查看完整版本: 急切希望得到帮助啊啊：计算mmpbsa总是出现com.prmtop出错