背包旅客 发表于 2016-5-28 16:07:47

用chimera将带有水盒子的pdb文件转换成prmtop文件，发生原子类型分配错误

    本人尝试用UCSF chimera 1.10.1 version 试图将在Gromacs下已经加了水盒子之后的solv.pdb文件转换成prmtop格式，导入pdb文件正常，转换的时候我用的是amber99SB力场，到最后一步提示错误：50 atoms did not get GAFF atom-type assignments。重复了几次都是这样的！reply log文件截图如下面显示，发现基本都是Ile残基上甲基碳和甲基上碳原子出错！在我的体系里面不可以直接删掉这些原子！！！请问各位大神们，有什么办法可以解决问题呢？？？急急急~~~拜托各位了！C:\Users\Administrator\Desktop

背包旅客 发表于 2016-5-28 16:09:10

reply log文件截图如下面显示：

墨竹晓风 发表于 2016-5-31 13:25:48

原子类型出错，最方便的方法就是出错的原子删除掉，用chimera重新加H等。
麻烦的做法是找到amber99SB力场对应的原子类型，手动一个个修改。
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