xiaoxixi 发表于 2016-5-20 23:18:18

怎样计算有机分子中每个原子的电荷

求助：新手用VMD学习分子动力学模拟，因为top文件中一般只有氨基酸的结构信息，我现在想将蛋白质和一个有机小分子（萜类）放在一起模拟，但是因为没有这个小分子结构信息，所以不能生成psf文件。因此需要确定每个原子的电荷信息，请高人指教通过什么才能确定电荷，自己写top文件。听说可以用GaussView计算电荷，但是不知道该弄，请指教！因为是新手，请尽可能介绍详细点！谢谢！

scx235 发表于 2016-5-25 21:20:20

GAUSSIAN 里面的NBO 算的比较准确

tonylee33 发表于 2016-5-20 23:41:41

深一点的理论算一下，推荐mp2，至少也得杂交算法吧。

xiaoxixi 发表于 2016-5-23 15:50:08

非常感谢你的回复，但是由于我是初学者，所以能不能详细介绍一下，我的那个小分子物质是与蛋白质共结晶解析出来的，因为生成psf文件需要电荷信息。。。。请问有什么办法么？

tonylee33 发表于 2016-5-25 20:44:00

xiaoxixi 发表于 2016-5-23 15:50
非常感谢你的回复，但是由于我是初学者，所以能不能详细介绍一下，我的那个小分子物质是与蛋白质共结晶解析 ...

多大的分子？100个原子以内，建议用第一原理或者从头算起算一下。dftb可以算的大一点，1000个原子可以算，但是他的力场参数不是很多。

suifeng1992 发表于 2016-5-26 11:20:18

用高斯算就好了

xiaoxixi 发表于 2016-5-31 15:04:41

tonylee33 发表于 2016-5-25 20:44
多大的分子？100个原子以内，建议用第一原理或者从头算起算一下。dftb可以算的大一点，1000个原子可以算 ...

我原子数不多，只有50多，我看guassian了，只是我不知道该怎么用它，可以详细教我怎么弄吗？谢谢！

xiaoxixi 发表于 2016-5-31 15:05:21

tonylee33 发表于 2016-5-25 20:44
多大的分子？100个原子以内，建议用第一原理或者从头算起算一下。dftb可以算的大一点，1000个原子可以算 ...

我原子数不多，只有50多，我看guassian了，只是我不知道该怎么用它，可以详细教我怎么弄吗？谢谢！

xiaoxixi 发表于 2016-5-31 15:34:05

xiaoxixi 发表于 2016-5-31 15:04
我原子数不多，只有50多，我看guassian了，只是我不知道该怎么用它，可以详细教我怎么弄吗？谢谢！ ...

还有，我进行运算的时候，报错Severe Error Message # 2070 ！不知道怎么解决。我是直接将pdb文件输入到gaussview里面，保存成gif文件，然后用guassian计算，下面是我的输入文件的一部分：G:\simulation\1-GL-PGUS\1-GL

xiaoxixi 发表于 2016-5-31 15:39:11

本帖最后由 xiaoxixi 于 2016-5-31 15:41 编辑

tonylee33 发表于 2016-5-25 20:44
多大的分子？100个原子以内，建议用第一原理或者从头算起算一下。dftb可以算的大一点，1000个原子可以算 ...

还有，我进行运算的时候，报错Severe Error Message # 2070 ！不知道怎么解决。我是直接将pdb文件输入到gaussview里面，保存成gif文件，然后用guassian计算，下面是我的输入文件的一部分


%chk=G:\simulation\1-GL-PGUS\1-GL\GL.chk                                                   
# opt freq hf/3-21g scrf=(solvent=water) pop=(nbo,savenbo,nboread)                           
geom=connectivity                                                                           
                                                                                             
GL-opt+Freq                                                                                 
                                                                                             
0 2                                                                                          
C(PDBName=C,ResName=L0R,ResNum=1004_E)             -20.81600000-22.85900000-16.76500000
O(PDBName=O,ResName=L0R,ResNum=1005_E)            -15.83600000-21.61700000-15.45000000
C(PDBName=C,ResName=L0R,ResNum=1006_E)             -20.57300000-21.31400000-16.71100000
O(PDBName=O,ResName=L0R,ResNum=1007_E)            -14.74700000-19.88200000   -9.13400000
C(PDBName=C,ResName=L0R,ResNum=1008_E)             -21.80800000-20.63200000-17.17400000
O(PDBName=O,ResName=L0R,ResNum=1009_E)            -12.41000000-19.82700000   -9.45900000
C(PDBName=C,ResName=L0R,ResNum=1010_E)             -21.99300000-20.77800000-18.64100000
O(PDBName=O,ResName=L0R,ResNum=1011_E)            -11.81200000-21.81200000-11.77800000
C(PDBName=C,ResName=L0R,ResNum=1012_E)             -21.11000000-19.85500000-19.42700000
O(PDBName=O,ResName=L0R,ResNum=1013_E)            -9.92700000-21.77400000-10.64200000
C(PDBName=C,ResName=L0R,ResNum=1014_E)             -19.65300000-20.20700000-19.00700000
O(PDBName=O,ResName=L0R,ResNum=1015_E)            -9.90200000-21.49200000   -8.10300000
C(PDBName=C,ResName=L0R,ResNum=1016_E)             -19.33400000-20.91400000-17.55200000
O(PDBName=O,ResName=L0R,ResNum=1017_E)            -11.04500000-18.88500000   -7.64900000
C(PDBName=C,ResName=L0R,ResNum=1018_E)             -18.35000000-20.09600000-16.79100000
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