一匹牛 发表于 2016-5-16 21:43:14

求助各位大神protein—protein对接

这可能是一个愚蠢的问题，请各位不吝赐教！
类似最近很牛的剪接体结构已知，现在我把其中的一个蛋白结构稍微变一下，看看有没有影响剪接复合体的结构，这种对接怎么做？还有就是像这种已经有结构的复合体，去做对接的时候软件会不会像预测蛋白结构一样先找到最适的model，然后根据这个model去对接吗？

川大-灰太狼 发表于 2016-5-24 15:47:57

这个就不是对接能解决的问题了，建议可以考虑分子动力学来进行研究。

墨竹晓风 发表于 2016-5-25 10:22:51

嗯，坛主建议对的。
这个对接是做不了的。
如果你蛋白变化不大，只是简单的几个残基有不同的话，直接把晶体中这个蛋白的特定残基突变成你需要的，然后跑分子动力学就行。如果蛋白变化较大，那得先做对接，再做动力学了。

一匹牛 发表于 2016-6-14 15:40:37

怎么把蛋白的特定残基突变呢？可以用MD跑吗
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