莉莉安的向日葵 发表于 2016-5-12 17:15:11

AutoDock在Show Interaction时出现Dimensions too large的错误

如题，AutoDock在Show Interaction时出现Dimensions too large的错误。
传不上图，只好复制一下了，错误是这样的：

IDLE 1.2.2      ==== No Subprocess ====
>>> ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
File "I:\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
File "I:\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3087, in doit
    self.build()
File "I:\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 2912, in build
    self.intDescr = InteractionDescriptor(lig, macro, percentCutoff)
File "I:\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 49, in __init__
    self.build(detect_pi=detect_pi)
File "I:\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 60, in build
    self.buildCloseContactAtoms(percentCutoff)            #
File "I:\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 69, in buildCloseContactAtoms
    self.macro_atoms, percentCutoff=percentCutoff)
File "I:\lib\site-packages\MolKit\distanceSelector.py", line 106, in select
    bigC = Numeric.resize(c, (lenC, lenC, 3))
File "I:\lib\site-packages\numpy\core\fromnumeric.py", line 615, in resize
    a = concatenate( (a,)*n_copies)
ValueError: dimensions too large.

dlg文件的结果都是有的，10个构象都可以查看，Info也能查看，结合能也都是负数，Cluster都能分析，就是Show Interaction出错了。
要怎么解决呢？我的对接结果是否 可靠呢？
如果binding energy、Ki都可信的话，我用得到的构象输出pdb在pymol或其它可视化软件里分析作用力，这样可以吗？

莉莉安的向日葵 发表于 2016-5-12 17:47:27

本帖最后由 莉莉安的向日葵 于 2016-5-12 17:49 编辑

完了，刚才用ADT打开了一个教程里的dlg结果文件，是可以show interaction的，看来我是对接过程中出了什么问题，是不是我的对接结果也不可信了啊/(ㄒoㄒ)/~~
不过有没有可能是我的蛋白质分子太大了？一万八千多个原子，蛋白质大小会影响show interaction的使用吗？

初夏 发表于 2018-2-6 17:07:53

您好，请问问题解决了吗？我遇到了完全相同的问题，如果有解决方法麻烦告知！！谢谢啦！！

prima 发表于 2018-4-16 09:49:42

请问你解决这个问题了吗？

（哈哈哈哈哈） 发表于 2020-5-12 16:09:58

请问大家问题都解决了吗

qixjiaaa 发表于 2020-8-31 11:03:28

哈喽哈喽 请问您的问题解决了吗 我遇到了相同的问题
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