cuiyoutian 发表于 2012-12-3 21:58:08

rmsd跳跃问题

用namd gpu跑动力学，平衡过后，看rmsd值的变化借此判断平衡，却发现出现如下状况。是在600ps出现的。
非常有趣。
整体能量趋于平衡，但是出现了rmsd跳跃。
看到网上其他人说是限制的问题，我没有作限制。和大家讨论下，假如我继续跑平衡，估计蛋白会重新回到盒子中。这个对动力学有影响吗？


大工-阿里巴巴 发表于 2012-12-4 13:30:00

这种跳跃一般是蛋白质部分跑到盒子外面造成的吧~namd不知道怎么去掉周期性边界~看看别人有知道的不~哈哈

cuiyoutian 发表于 2012-12-4 20:57:42

本帖最后由 cuiyoutian 于 2012-12-4 21:12 编辑

大工-阿里巴巴 发表于 2012-12-4 13:30 static/image/common/back.gif
这种跳跃一般是蛋白质部分跑到盒子外面造成的吧~namd不知道怎么去掉周期性边界~看看别人有知道的不~哈哈 ...
根据图可以看出，它跑出一个盒子，但是他应该进入另一个盒子（根据周期性边界），实际上蛋白并没有分离，不知道为什么。

大工-阿里巴巴 发表于 2012-12-4 22:16:17

是的~这就是设置周期性编辑的的用途，只是VMD本身自带的RMSD计算plugin不能识别出这种跨越周期性边界时RMSD的变化~不是轨迹本身的问题~

cuiyoutian 发表于 2012-12-4 22:31:58

大工-阿里巴巴 发表于 2012-12-4 22:16 static/image/common/back.gif
是的~这就是设置周期性编辑的的用途，只是VMD本身自带的RMSD计算plugin不能识别出这种跨越周期性边界时RMSD ...

哈哈，看来我要自己手动调rmsd值了。

cuiyoutian 发表于 2012-12-7 21:25:41

大工-阿里巴巴 发表于 2012-12-4 22:16 static/image/common/back.gif
是的~这就是设置周期性编辑的的用途，只是VMD本身自带的RMSD计算plugin不能识别出这种跨越周期性边界时RMSD ...

经过验证，发现平衡的时候有限制，因为在盒子里就不会出现这种状态，不知道跑完整动力学的时候怎么办。

tobeant 发表于 2012-12-24 13:43:59

计算RMSD之前，将轨迹unwrap就不会出现跑出盒子的问题了

cuiyoutian 发表于 2012-12-26 20:35:55

tobeant 发表于 2012-12-24 13:43 static/image/common/back.gif
计算RMSD之前，将轨迹unwrap就不会出现跑出盒子的问题了

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbctools/#fn1x0
是这个插件吗？
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