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mliwang 发表于 2016-5-1 21:53:55

关于用autodock做分子对接

1.如何找到Gamma-aminobutyric-acid receptor alpha-3 subunit的pdb文件，试了很多数据库像pdb,drug bank,uniport,ZINC都没有，是不是要自己画，还有我想要靶点和它的原配体对接作参照却不知道怎么把从pdb数据库下同时包含配体和受体的文件，感觉我下的都要么只有配体要么只有受体；
2.要做半柔性对接的话，有没有对应数据库可以一下找到分子对应的氨基残基；
3.我用的是autodock,我想知道如何通过当前参数分析出最适合的构像和化合物。

川大-灰太狼 发表于 2016-5-3 22:04:20

总体来说，受体是不能画的，配体是可以画的。找到配体和受体后，可以使用autodock分子对接软件进行分子对接，先学会做受体刚性对接，学会了之后再做配体活性位点柔性对接，具体的可以参考本论坛前辈写的教程。

mliwang 发表于 2016-5-6 20:27:50

川大-灰太狼 发表于 2016-5-3 22:04
总体来说，受体是不能画的，配体是可以画的。找到配体和受体后，可以使用autodock分子对接软件进行分子对接 ...

谢谢大神回复，我现在用autodock做刚性对接已经会了，就是不知道该怎么做柔性对接

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