tjpugu 发表于 2016-4-25 17:55:47

用openbabel将pdbqt转为pdb文件

为了便于输入到Gromacs里我想把autodock得到的PDBQT文件转为PDB文件，两者输入openbabel后显示“0 molecular is converted"，不知是哪里出了问题，网上也找不到好的openbabel的使用手册，希望有资料的前辈也能推荐一下。

borinboy 发表于 2016-4-26 03:52:41

因为命令错误的原因。

tjpugu 发表于 2016-4-26 09:45:56

borinboy 发表于 2016-4-26 03:52
因为命令错误的原因。

您好，我用的是windows版本的，是个可视化的操作界面，我只设定了输入和输出文件，其他的都没有设，请问还要设置其他的选项吗？

103036313 发表于 2016-4-28 10:54:23

楼主 你的问题解决了吗    求教

tjpugu 发表于 2016-4-30 15:45:15

103036313 发表于 2016-4-28 10:54
楼主 你的问题解决了吗    求教

还没有，打算另找方法了

borinboy 发表于 2016-5-9 13:05:56

tjpugu 发表于 2016-4-26 09:45
您好，我用的是windows版本的，是个可视化的操作界面，我只设定了输入和输出文件，其他的都没有设，请问 ...

我是用命令来进行操作的，你进入命令提示符，输入命令来进行转化。先进入你文件所在路径，然后输入命令，babel -ipdbqt *.pdbqt -opdb -O 输出路径。有一些格式转换的操作，比如-m是把转换的文件变成单个的文件，-h是加氢等等，网上有obabal的操作命令的，你可以找一下。
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