关于Gromacs模拟蛋白配体复合物的问题
大家好，最近遇到一个问题困扰了我很久，希望大家能帮帮忙我打算用4RVK这个结构做动力学模拟，步骤如下：
1.抽取出配体3XK，然后使用chimera删除掉水和3XK 配体。
2.生成蛋白的拓扑文件，用 pdb2gmx命令， 力场选择的是 GROMOS43a1.总电荷是-4.000
3.利用PRODRG网站生成配体的拓扑文件。并按照教程生成complex.gro 文件。
4.有一个问题就是，这个网站生成的配体电荷不正确，请问我该怎么该？
5.然后运行命令：editconf,solvate.
6.这里需要一个mdp的参数文件。我采用的是教程上面的，没有进行修改。
7.然后genion 这个命令，因为是-4。000个电荷，所以这一步添加4个正电荷参数为：-pname -np 4
8.然后跟在教程一直走都没有问题，知道这一步：
9.gmx_mpi -deffnm nvt
错误信息为：Wtaer molecule starting at atom 3537 can not be settled.......
就这个问题，请大家帮帮忙
谢谢你们！
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. 检查是否有不合理的接触，或者减少步长来解决这个问题。 限制那里改为DFLEXIBLE
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