小萌物 发表于 2016-4-6 12:45:36

请问有哪些软件可以用于化合物片段获取

    大家好，请问有哪些软件可以用于化合物片段的获取，最好是开源(Open source)或免费的软件，最好是切出的片段更加符合药物设计的思想，谢谢！    希望能简单介绍一下这些软件的算法和相关文章就更好了，非常感谢！



pesticide_ccnu 发表于 2016-4-6 13:02:02

免费的：DAIM（3d） molblocks(2d) LE-Tool(3d)

我们课题组使用的DAIM软件免费的 非常快识别mol2文件 http://www.biochem-caflisch.uzh.ch/download/
处理方式是将单键切开 这样就一定程度上考虑了可和成性
生成的碎片原来的连接点有标记 图中那种暴力的切割方式是木有的

另外 ZINC库（商品化碎片）和Elea3d（FAD药物切割得到碎片）网站提供了已经切割好的碎片结构文件

小萌物 发表于 2016-4-12 15:15:46

pesticide_ccnu 发表于 2016-4-6 13:02
免费的：DAIM（3d） molblocks(2d) LE-Tool(3d)

我们课题组使用的DAIM软件免费的 非常快识别mol2文件...

谢谢，我发现DAIM和molblock需要在linux下运行，不太会，赵老师的lefrag也是要在linux运行的。我准备用recap算法，很多软件好像都有用到这个。molblock好像是这个算法。

wangpengfei 发表于 2016-4-27 20:15:47

利用各个破解软件也可以啊，比如说薛定谔可以好好的挑挑不同大小方式的片段啊

xufund 发表于 2016-4-27 21:46:33

pesticide_ccnu 发表于 2016-4-6 13:02
免费的：DAIM（3d） molblocks(2d) LE-Tool(3d)

我们课题组使用的DAIM软件免费的 非常快识别mol2文件...

谢谢分享

xufund 发表于 2016-4-27 21:46:38

pesticide_ccnu 发表于 2016-4-6 13:02
免费的：DAIM（3d） molblocks(2d) LE-Tool(3d)

我们课题组使用的DAIM软件免费的 非常快识别mol2文件...

谢谢分享

longjason88 发表于 2017-4-5 20:18:46

学习一下啊，感觉很高深啊:)
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