小鹏哥 发表于 2016-3-30 20:27:28

namd问题

蛋白质溶剂化在水盒子后出现这样的图，前提是我的模型建成后感觉可靠性挺好的就没有优化。求大神指点：这样的溶剂化后的水盒子是否正确？模型建立后再进行MD前是否必须进行优化？

史小史 发表于 2016-3-31 14:12:42

这么凌乱的图？是不是你键的信息错误了 不知道你检查没？

史小史 发表于 2016-3-31 14:13:19

生成pdb psf文件后 加水盒子前 你用VMD读入过pdb文件与psf文件吗
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