tjpugu 发表于 2016-3-2 21:45:21

PyMol只能显示分子间的“氢键”吗？

我用两种带有氨基酸结构的小分子在PyMol里想看到氢键作用，但是Action-find-polar contact操作后完全没有反应，是小分子间没有氢键吗，还是操作有误呢，大家帮忙分析一下吧！

tjpugu 发表于 2016-3-5 09:52:08

Pymol都可以显示什么类型的相互作用力？亲疏水性可以吗？

川大-灰太狼 发表于 2016-3-6 21:58:56

tjpugu 发表于 2016-3-5 09:52
Pymol都可以显示什么类型的相互作用力？亲疏水性可以吗？

疏水相互作用pymol显示不了，可以显示氢键、静电相互作用用。疏水可以使用Chimera。

tjpugu 发表于 2016-3-7 10:07:14

川大-灰太狼 发表于 2016-3-6 21:58
疏水相互作用pymol显示不了，可以显示氢键、静电相互作用用。疏水可以使用Chimera。 ...

您好，谢谢你的回答。还想问您一下，我在PyMol中测小分子的相互作用力，理论上二者是应该存在氢键的，但是并没有显示出来，是因为作用力太弱还是前期要处理一下PDB文件（文件是我自己用Chemdraw画的）呢？

川大-灰太狼 发表于 2016-3-17 22:02:04

tjpugu 发表于 2016-3-7 10:07
您好，谢谢你的回答。还想问您一下，我在PyMol中测小分子的相互作用力，理论上二者是应该存在氢键的，但 ...

首先要了解 氢键的定义，距离和角度，pymol软件是默认设置了一定的距离和长度，如果你自己觉得可以形成氢键，可以自定义，画出距离。

麦客 发表于 2016-6-21 10:33:23

川大-灰太狼 发表于 2016-3-17 22:02
首先要了解 氢键的定义，距离和角度，pymol软件是默认设置了一定的距离和长度，如果你自己觉得可以形成氢 ...

pymol软件怎么自定义形成氢键的距离和长度？

川大-灰太狼 发表于 2016-6-22 09:53:40

麦客 发表于 2016-6-21 10:33
pymol软件怎么自定义形成氢键的距离和长度？

定义氢键的操作方法：
1、在工具条中选择Setting，点选Edite All..
2、在Edite All里面找到h_bond相关选项，设置修改，最后按 回车键 保存参数设置。


麦客 发表于 2016-6-25 16:25:38

谢谢！！！

17110209 发表于 2016-8-17 23:16:27

川大-灰太狼 发表于 2016-6-22 09:53
定义氢键的操作方法：
1、在工具条中选择Setting，点选Edite All..
2、在Edite All里面找到h_bond相关选 ...

请问这些选项是什么意思？哪个是设置长短的？“谢谢
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