如何利用modeller对拥有两个不同亚基的四聚体蛋白进行建模
如何利用modeller对拥有两个不同亚基的四聚体蛋白进行建模,求各位大神指导!如果有多聚体的模板的话可以这样试试:
1.创建包含有4条链信息的目的序列,链与链之间用“/”分隔开。2.align模板与该目的序列,注意修改对齐的链:例如mdl = model(env, file='1234', model_segment=('FIRST:A','LAST:D'))。3.如此得到的ali文件就是模板的4条链与目的序列4条链分别对齐的啦~用单模板建模即可~~
新手小白自己摸索的方法,如有不对请大神们指正 能找得到一个四聚体模板么? lrf1980 发表于 2016-3-2 15:49
能找得到一个四聚体模板么?
能找到, 小鹏哥 发表于 2016-3-2 20:20
能找到,
那你可以用这个模板建模啊,分开对不同的亚基建模,然后合并就好 lrf1980 发表于 2016-3-2 20:43
那你可以用这个模板建模啊,分开对不同的亚基建模,然后合并就好
能不能直接对多聚体建模? 小鹏哥 发表于 2016-3-2 20:45
能不能直接对多聚体建模?
我不会,所以给不了你建议 lrf1980 发表于 2016-3-2 22:43
我不会,所以给不了你建议
好吧,modeller里面的教程里有 小鹏哥 发表于 2016-3-3 13:44
好吧,modeller里面的教程里有
那把你的建模过程分享一下,让大家学习。:) 你的modeller是多少版?,能分享给我吗?我找了好几天了,网上好少,我的邮箱779553593@qq.com
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