天理-小新 发表于 2012-11-28 11:32:29

ADT-autodock做对接要注意：含有芳香氮原子的化合物

本帖最后由 天理-小新 于 2012-12-11 11:08 编辑

关于ADT-autodock做对接要注意：含有芳香氮原子的化合物。做了这么久，没想到这么细节的东西，我竟然不知道。首先，大家来看一张图。从这张图上可以看出，按照教程上用ADT处理后的分子，在三唑环上加了多余的两个氢，在制作pdbqt文件后，可以发现这氢合并了，似乎很正常，其实如果对接后，提取分子构像的时候，你会发现那两个氢气是存在的。如果用pyrx的朋友如果用它处理这类含芳香氮的分子会发现，也会出现这中情况。此外对与一些辅因子，也会出现这种情况，在将辅因子和蛋白一起做成受体pdbqt文件的时候，辅因子也会被加上。这点请大家注意。不仅仅是三唑环，还有吡啶等含芳香氮原子的分子都是这样。

天理-小新 发表于 2012-12-11 11:09:47

呵呵，刚补完全:)

ivanlujunwang 发表于 2012-12-22 14:05:03

受教了:lol:lol:lol

xufund 发表于 2012-12-22 20:19:27

谢谢。哪如何处理这种情况呢

hinry_jay 发表于 2013-1-15 08:23:52

用raccoon自动转换就行。问题能解决

0703114邓 发表于 2013-1-15 09:16:03

我也遇到了这类情况，没明白具体怎样处理，恳请楼主详细解释下吧
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