Amber复合物做MM-PBSA教程时蛋白老是出错！！！
小辈按照Amber官网上面的教程学习MM-PBSA，但是一开始我就进行不下去啦！我用命令：tleap -f oldff/leaprc.ff99SB
> source leaprc.gaff
> com = loadpdb ras-raf.pdb
> ras = loadpdb ras.pdb
> raf = loadpdb raf.pdb打开三个pdb文件，可是总显示：
Created a new atom named: HD22 within residue: .R<LEU 242>
Created a new atom named: HD23 within residue: .R<LEU 242>
Created a new atom named: C within residue: .R<LEU 242>
Created a new atom named: O within residue: .R<LEU 242>
Created a new atom named: OXT within residue: .R<LEU 242>
total atoms in file: 3862
The file contained 3862 atoms not in residue templates
然后我继续运行下列命令：
set default PBRadii mbondi2
saveamberparm com ras-raf.prmtop ras-raf.inpcrd
saveamberparm ras ras.prmtop ras.inpcrd
saveamberparm raf raf.prmtop raf.inpcrd
就出现以下情况：
FATAL:Atom .R<LEU 242>.A<HD23 17> does not have a type.
FATAL:Atom .R<LEU 242>.A<C 18> does not have a type.
FATAL:Atom .R<LEU 242>.A<O 19> does not have a type.
FATAL:Atom .R<LEU 242>.A<OXT 20> does not have a type.
Failed to generate parameters
Parameter file was not saved.
继续运行后面两步，能生成我要的*.inpcrd文件和*.prmtop文件，但是是空文件！！！
请问这是什么问题啊？？？要怎么解决呢？？？做过这个例子的，可以指导一下么？？？跪谢~~~:'(:'(:'( 这个问题是因为识别不了氨基酸残基中的氢原子造成的，建议楼主把氢全删了再来一遍。 逍遥的猫科动物 发表于 2015-11-13 21:43
这个问题是因为识别不了氨基酸残基中的氢原子造成的，建议楼主把氢全删了再来一遍。 ...
就是我直接把pdb文件中的氢原子全删掉是咩？？？ 背包旅客 发表于 2015-11-14 10:02
就是我直接把pdb文件中的氢原子全删掉是咩？？？
另外，在166和167之间加一个TER行 你不会是用手一个一个地删吧？ 逍遥的猫科动物 发表于 2015-11-14 10:53
你不会是用手一个一个地删吧？
那怎么删啊？？？真心不懂啊。。。求教！！！O(∩_∩)O谢谢 你还是先学下pymol吧，一上来就mmpbsa。。。只想回答你上个问题，这个问题可以自己解决的。。。 逍遥的猫科动物 发表于 2015-11-15 11:02
你还是先学下pymol吧，一上来就mmpbsa。。。只想回答你上个问题，这个问题可以自己解决的。。。 ...
我也用pymol，但都是用最基本的功能！我先试试，O(∩_∩)O谢谢你哦~~~
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