tbw258 发表于 2015-11-12 15:52:29

amber fold protein 在heating阶段出现的问题

我用amberfold my protein 在分步heating时出现了‘突刺 ’ 几乎每次都是升温的第一步这是什么显现,我的参数合理吗?
Stage 1 heating of complex 0 to 50K
&cntrl
imin=0, irest=0, ntx=1,
nstlim=10000, dt=0.0005,
ntc=2, ntf=2,
ntt=3,gamma_ln = 2.0,
tempi=0.0, temp0=50.0,
ntpr=50, ntwx=50,
ntb=0, igb=8, ioutfm=1,iwrap=0,nscm=1,   ntwr=500,
cut=999.,rgbmax=999.
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