SDF文件切割程序
本帖最后由 maoboo 于 2016-7-8 17:45 编辑大家做药物虚拟筛选的时候经常需要处理很大的sdf格式的分子数据库文件，我使用python2.7写了一个sdf切割程序。可以将sdf属性中保存的分子名存到分子中，可以将分子名中的"/"替换为"_"，（主要用于specs小分子数据库）。
使用方法：
python sdfsplit.py inputfile outfile threshold [-na nametag -nc]
必选参数
inputfile为输入文件，outfile为输出文件（可不带后缀名）， threshold为每个文件保存的分子数。
可选参数
-na 是不是要向分子中添加属性中保存的名称，nametag是该属性的名字
-nc 是不是要将分子名称中的"/"替换为"_"
目前仅支持命令行操作，ubuntu下测试有效。
脚本中有我的联系方式，有什么疑问或者建议可以email我。
2016年7月8日
更新了sdfsplit.py脚本文件，优化了运行速度，添加了按步骤运行脚本的方法。
运行需要安装python 2.7.
安装python2.7 之后可将sdfsplit.py脚本复制到sdf文件夹下双击打开，根据提示输入信息即可运行。 {:soso_e179:} 不错哦，自己可以写啦 :lol真的很好，很方便啊，虽然我暂时用不到，学习一下！ 收藏了~~ 本帖最后由 lrf1980 于 2015-11-21 07:49 编辑
这个也可以用过openbabel将sdf转换成mol2，然后用raccoon的split mol2来实现分子切割，然后再用openbabel将mol2转回sdf，有点麻烦就是。
非常实用的程序，我前段时间还在写一个分割脚本弄的人很憔悴呀！有了你这个至少在做自己的东西的时候有了参考。 therotyonth 发表于 2015-11-25 21:43
非常实用的程序，我前段时间还在写一个分割脚本弄的人很憔悴呀！有了你这个至少在做自己的东西的时候有了参 ...
一个小的切割文件程序我定义了两个类，弄的有点复杂，不要误导你才好啊…… 支持原创！买了 刚刚在win7下试了真的可以
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