stone 发表于 2015-10-27 23:14:06

用amber ff14SB力场中的126lj非键模型进行金属蛋白模拟

因为看教程，amber中的14版力场可以直接用来模拟金属蛋白，参考了一些例子，模拟体系我是这么搭建的，麻烦大家看看，有没有问题，谢谢！

先用antechamber做好小分子pen的mol2文件和frcmod文件
tleap1:
source leaprc.ff14SB
source leaprc.gaff
PEN = loadmol2 pen.mol2
check PEN
loadamberparams pen.frcmod
saveoff PEN pen.lib
saveamberparm PEN pen.prmtop pen.inpcrd
quit

tleap2:
source leaprc.ff14SB
source leaprc.gaff
loadamberparams pen.frcmod
loadoff pen.lib
mol = loadpdb BCpen.pdb
loadamberparams frcmod.ionslrcm_cm_spce
loadamberparams frcmod.ionsjc_spce
solvatebox mol SPCBOX 10.0
loadamberparams frcmod.spce
addions mol CL 0
savepdb mol BCpen_solv.pdb
saveamberparm mol BCpen_solv.prmtop BCpen_solv.inpcrd
quit

能成功产生top 和 crd 文件，现在已经模拟上了，但是不知道上述方法有没有什么不对的地方，请大家指教！

stone 发表于 2015-10-27 23:15:17

忘了说明，这个蛋白含有2个锌离子，4配位

syjohn 发表于 2015-10-30 15:10:30

本帖最后由 syjohn 于 2015-10-30 15:20 编辑

因为看教程，amber中的14版力场可以直接用来模拟金属蛋白


当然可以了，官网上的教程显示可以利用12-6 Nonbonded model模型来进行拟合，但是不知道对于需要进行MMPBSA计算的来说是否可以，希望你有后续的更新

sztian 发表于 2016-1-15 19:37:23

loadamberparams frcmod.spce
这一步是给谁加的参数呀？

sztian 发表于 2016-1-15 19:37:44

可不可以用TIP3PBOX 呀？

bigbang 发表于 2016-1-16 20:11:52

1.lloadamberparams frcmod.spce
这一步是给谁加的参数呀？
答：氯离子
2.可不可以用TIP3PBOX 呀？
可以，但是文献报导SPC水模型模拟效果好些

苏幕_VQFGr 发表于 2020-9-3 15:14:31

跪求Amber ff14SB力场获取途径
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