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cheor3war 发表于 2015-10-24 12:42:26

Amber和DS能否联用

求教：能否使用DS对接的结果进行amber的动力学模拟，同时Amber模拟后的动力学结构比如PDB文件以及对接后的数据能否在DS中使用

川大-灰太狼 发表于 2015-10-25 23:23:52

第一，ds对接的后结果保存为pdb，那么amber是可以用的。第二，amber模拟后的动力学拓扑结构DS是不能打开的，DS支持仅CHARM。

cheor3war 发表于 2015-10-28 16:24:42

川大-灰太狼 发表于 2015-10-25 23:23
第一，ds对接的后结果保存为pdb，那么amber是可以用的。第二，amber模拟后的动力学拓扑结构DS是不能打开的 ...

能不能把Amber做得结果也保存成PDB，然后使用DS打开呢

川大-灰太狼 发表于 2015-10-30 14:02:12

cheor3war 发表于 2015-10-28 16:24
能不能把Amber做得结果也保存成PDB，然后使用DS打开呢

这个是可以的，不过既然用amber做分子动力学，那么你关心的应该是整个过程，而不仅仅是最后一帧的结果。

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