yuyang 发表于 2015-10-21 13:39:45

分析


请教一个问题，定点突变蛋白质后，gromacs跑完动力学后50度下跑出来的rmsd的值要比70度的高，70度的rmsd值要比90度下的高，这个属于正常吗？回旋半径也是一样的，

川大-灰太狼 发表于 2015-10-25 23:19:53

一般来说，这样的结果是不正确的，超过50度一般都会导致蛋白质变性。如果你的蛋白比较特殊，外环境控制得好，70-90度也许蛋白还有活性。按照热力学来说，温度越高，分子的原子的震动也越大，rmsd应该更大。
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