chunlin3 发表于 2015-9-16 21:44:16

Mol文件可视化求助

大家好！本人是从事超分子化学的，我有Spatarn 14 优化分子mol文件，想使用Pymol可视化以发表文章， 别人的例子如附件图。

1. 特征是：CPK模型是透明的，内部可见’Stick‘显示分子结构；

2.如何标注任意两个原子的距离和氢键？该显示的距离可以修改吗？

川大-灰太狼 发表于 2015-9-17 22:31:51

1、CPK在pymol里面叫 sphere，可以在setting->Transparency->Sphere 里面选择透明度。

川大-灰太狼 发表于 2015-9-17 22:33:57

2、距离可以点击 Wizard->Mesurement，然后点击两个原子测试距离等参数。用命令：show label 则显示距离。

川大-灰太狼 发表于 2015-9-17 22:35:11

3、这个文章的图片不是很漂亮，颜色对比不强烈，非极性氢原子多余，影响视图。：）个人评论，仅作参考。

chunlin3 发表于 2015-9-18 19:47:07

谢谢大狼哥的回复。

chunlin3 发表于 2015-9-18 19:49:40

我也觉得有点乱，hide那些氢原子应该可以吧？

川大-灰太狼 发表于 2015-9-18 21:04:11

chunlin3 发表于 2015-9-18 19:49
我也觉得有点乱，hide那些氢原子应该可以吧？

嗯，完全可以隐藏哪些非极性氢，极性氢主要考虑到形成氢键，所以可以保留。

chunlin3 发表于 2015-9-19 16:31:08

川大-灰太狼 发表于 2015-9-18 21:04
嗯，完全可以隐藏哪些非极性氢，极性氢主要考虑到形成氢键，所以可以保留。 ...

是好看多了，多谢狼哥~
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