背包旅客 发表于 2015-9-14 17:59:40

怎么分析gromacs运行MD后用mmpbsa求得的结合能数据啊？

本人是用gromacs运行MD的，然后得到的数据用mmpbsa计算得到以下的自由能数据：C:\Users\Administrator\Desktop\QQ图片20150914175542.png
可是不懂怎么分析数据啊！也不懂文献里面的结合能数据到底是哪项加哪项得出来的！！！:'(:'(跪求各位大神指点！！！可以的话顺便给我推荐几篇关于这方面的文献更好！O(∩_∩)O谢谢

背包旅客 发表于 2015-9-15 09:24:58

附图不显示！！！以下是结合能计算结果！通过什么公式得到文献里面的数据啊？
#                  DELTA
#          -----------------------
#                  MEAN      STD
#          =======================
ELE            -25.47       3.25
VDW            -54.57       2.46
INT               -0.00       0.01
GAS            -80.04       3.16
PBSUR             -4.41       0.06
PBCAL             21.31       2.20
PBSOL             16.90       2.21
PBELE             -4.16       3.36
PBTOT            -63.14       3.59

greatzdl 发表于 2015-9-15 10:25:52

g_mmpbsa—A GROMACS Tool for High-Throughput MM-PBSA Calculations，DOI: 10.1021/ci500020m

墨竹晓风 发表于 2015-9-15 12:49:59

1. GMXPBSA 2.1: A GROMACS tool to perform MM/PBSA and computational alanine scanning.Comp. Phy. Commu. 2015；
2. g_mmpbsa—A GROMACS Tool for High-Throughput MM-PBSA Calculations. J. Chem. Inf. Model.,2014

川大-灰太狼 发表于 2015-9-17 22:21:38

图片上传后，然后再点下图片，才能插入帖子中。：）gromacs的mmpbsa是否已经安装好了？

背包旅客 发表于 2015-9-19 17:44:59

川大-灰太狼 发表于 2015-9-17 22:21
图片上传后，然后再点下图片，才能插入帖子中。：）gromacs的mmpbsa是否已经安装好了？ ...

安装好了呢！我已经计算得出数据啦！就是不懂怎么分析怎么写文章:lol

背包旅客 发表于 2015-9-19 17:45:44

墨竹晓风 发表于 2015-9-15 12:49
1. GMXPBSA 2.1: A GROMACS tool to perform MM/PBSA and computational alanine scanning.Comp. Phy. Co ...

O(∩_∩)O谢谢大神！我修炼修炼去。。。:lol

背包旅客 发表于 2015-9-19 17:46:07

greatzdl 发表于 2015-9-15 10:25
g_mmpbsa—A GROMACS Tool for High-Throughput MM-PBSA Calculations，DOI: 10.1021/ci500020m

好的，O(∩_∩)O谢谢！
页: [1]
查看完整版本: 怎么分析gromacs运行MD后用mmpbsa求得的结合能数据啊？