楠楠的后时代 发表于 2015-7-28 11:18:09

如何确定HS与药物相互作用的氨基酸残基呢~

各位前辈,大家好~
   我们刚开始学习分子对接,遇到一些无法解决的问题,恳请大神们指点~
   之前我们上传到DS中的是经过预处理过的蛋白和药物的复合物,在DS中可以有选择性的将蛋白和药物的复合物分离开,而且可以知道与药物反应的具体的氨基酸基团,但是现在却不可以了,因为albumin.althotas.com网页打不来,我们是从PDB上直接下载蛋白晶体结构,再将单独的蛋白晶体结构传到DS中,这样无法知道蛋白质中与药物反应的氨基酸基团的具体名称,从而导致,第三步正式对接时,无法正确勾选与药物相互作用的氨基酸基团。
    请问各位大神,蛋白与药物相互作用的基团如何确定??
    万分感激~
    盼回复

川大-灰太狼 发表于 2015-8-5 21:29:20

用pymol就可以观察到药物和蛋白的相互作用哈。DS当然也可以看到的,标出相互作用的氨基酸名称即可。
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