sztian 发表于 2015-7-22 15:23:57

ROCS 进行dock 的原理？

我知道Rocs可以进行小分子相似性的比对，利用的原理是shape-based（高斯函数） 。但是，在文献’Comparison of Shape-Matching and Docking as Virtual Screening Tools'中Rocs可以进行Dock,
我不明白，分子相似性怎么可以用来Dock。
请问有知道ROCS进行DOCK原理或过程的吗？

xpyp 发表于 2015-7-27 22:13:13

’Comparison of Shape-Matching and Docking as Virtual Screening Tools“
没看过文献，感觉应是比较LBDD(ROCS)和SBDD(DOCK)两种方法吧. ROCS貌似没有对接功能,不知新版本是否增加此功能.

sln2007 发表于 2017-5-21 09:52:02

ROCS是基于配体的方法，将一个或很多化合物按形状与药效团相似性叠合到参比化何物上（参比化合物也被抽象为形状与药效团），当参比（query）是一个蛋白口袋的电子密度时，或者是bound ligand时，叠合的结果也是个pose，这是也相当于是docking。
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