/rose水水 发表于 2015-7-21 09:34:51

GROMACS中的constraints应该怎么设？

想跑蛋白与小分子复合物的MD，想看看一段时间内它们相互作用情况。我看nvt.mdp npt.mdp md.mdp文件里的constraints都默认all-bonds，这是否是说所有原子位置都固定住了，就无法看到我想要的结果了呢？但是我把md.mdp的constraints改成none 又会出错。
WARNING 1 :
The bond in molecule-type Protein_chain_A between atoms 114 OG1 and 115
HG1 has an estimated oscillational period of 9.0e-03 ps, which is less
than 5 times the time step of 2.0e-03 ps.
Maybe you forgot to change the constraints mdp option.
请问怎么解决这种情况呢？谢谢！

laoman 发表于 2015-7-22 09:16:16

虽然我没用过Gromacs，但我觉得in文件里的constraint应该不是您所想的那样的constraint，似乎和shake算法有关（constraint_algorithm = lincs    ; holonomic constraints
\换行 constraints   = all-bonds             ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained）。要加限制的话好像得用make_ndx生成一个index.ndx的文件来定义需要限制的groups。楼主可以去查holonomic限制是一个怎么样的限制。所以这两条参数还是不用修改的吧，结果应该不会全部原子都被限制住的（frozen）

/rose水水 发表于 2015-7-22 09:43:40

laoman 发表于 2015-7-22 09:16
虽然我没用过Gromacs，但我觉得in文件里的constraint应该不是您所想的那样的constraint，似乎和shake算法有 ...

谢谢！:)

greatzdl 发表于 2015-9-9 10:23:28

用genrestr和make_ndx，产生itp加入top里面，详见gromacs 手册
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