hinry_jay 发表于 2012-11-16 17:21:14

pymol 显示pdbqt文件的方法

由于pdbqt并不是标准的分子文件格式，里面没有价键等信息，所以在用pymol 显示pdbqt 时也会出错， 如：你执行命令h_add,或是set valence, 1时会发现有些双键变成单键。用这样的图肯定不符合发表文章的要求。怎么办呢？

我先抛砖引玉吧，还是用openbabel，再转换格式的时候，我尝试了转成mol2，pdb等格式，但是对于个别分子均不太理想，后来尝试了转成sdf文件格式，OK，没问题。但是这个方法有一个缺陷，就是执行h_add命名后会出错，并不能加氢，还好极性氢本来就有，所以非极性的氢无所谓了。

PS：以上方法是针对小分子的，蛋白大家就直接用PDB格式的就好！

楼下的继续，还有没有更好的方法？

大工-阿里巴巴 发表于 2012-11-17 20:54:42

我一般使用viewlite这款免费软件将pdbqt转化成pdb格式的

hinry_jay 发表于 2012-11-18 09:54:03

大工-阿里巴巴 发表于 2012-11-17 20:54 static/image/common/back.gif
我一般使用viewlite这款免费软件将pdbqt转化成pdb格式的

转化完了，显示还有问题吗？包括加氢啊等问题？

大工-阿里巴巴 发表于 2012-11-18 11:48:31

木有问题啊~~~哈哈~可以加氢，更正一下这个软件叫viewer lite

hinry_jay 发表于 2012-11-18 13:52:34

本帖最后由 hinry_jay 于 2012-11-18 13:56 编辑

大工-阿里巴巴 发表于 2012-11-18 11:48 static/image/common/back.gif
木有问题啊~~~哈哈~可以加氢，更正一下这个软件叫viewer lite
太好了，谢谢分享！不过好像现在只能下载30天的试用版，你那儿安装文件还有吗？能共享一下吗？

天理-小新 发表于 2012-11-19 13:24:31

我不知道你是什么错误，我以pymol xx.pdbqt 执行命令后，小分子没有报错，并且可以加氢或remove氢。没有出现错误，知道你的pymol是安装的是win版本的还是linux版本的，也不知道你的pymol的版本号

天理-小新 发表于 2012-11-19 13:37:31

本帖最后由 天理-小新 于 2012-11-19 13:51 编辑

大分子我也试过了，也可以读入，也不会报错，只不过大分子中的苯环显示的颜色为白色，改变不了颜色。其实pdbqt文件转化为pdb文件，很简单，pdbqt文件只不过比pdb文件多了点原子类型和电荷而已。用linux命令，cut就可以搞定，根本不用什么软件。用linux命令cut将pdbqt文件转化为pdb文件后，加氢什么的，都没错，与原来的pdb文件叠合后能完全重合。

hinry_jay 发表于 2012-11-19 22:15:11

天理-小新 发表于 2012-11-19 13:37 static/image/common/back.gif
大分子我也试过了，也可以读入，也不会报错，只不过大分子中的苯环显示的颜色为白色，改变不了颜色。其实pd ...

我装的是win版的pymnol，1.3的。如果是直接在win里改pdbqt，是不是可以直接编辑pdbqt文件，应该删掉哪些内容呢？

天理-小新 发表于 2012-11-19 23:24:53

其实你把你生成的pdbqt文件和原来的pdb文件用文本编辑器打开，对比下就知道了，主要是原子类型和电荷去掉

hinry_jay 发表于 2012-11-20 08:22:14

天理-小新 发表于 2012-11-19 23:24 static/image/common/back.gif
其实你把你生成的pdbqt文件和原来的pdb文件用文本编辑器打开，对比下就知道了，主要是原子类型和电荷去掉 ...

好的，我试试！
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