winterhell 发表于 2015-6-29 14:09:29

Amber12串行版GPU加速的 gnu编译安装

一、amber12 gnu在ubuntu系统下的编译安装方法:

1.安装必要程序:
sudo apt-get install gcc g++ libxt-dev libxext-dev flex gfortran tcsh libnetcdf-dev patch csh bison xorg-dev zlib1g-dev libbz2-dev
mpi我们选择安装openmpi
2. 解压ambertools12和amber12:
cd /home/zheng/softwares/amber
tar xfj AmberTools12.tar.bz2
tar xfj Amber12.tar.bz2
3. 设置环境变量:
cd amber12
echo "export AMBERHOME=$PWD" >> ~/.bashrc
echo "export PATH=$PATH:$AMBERHOME/bin" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
4. 打补丁:
./update_amber --update或者手动打补丁,从官网下载补丁用以下命令patch -p0 -N < bugfix.all      bugfix.all即官网的bugfix.1,bugfix.2等等
5. 安装串行版amber12:
make clean
./configure gnu
make install
make test
6. 安装CUDA加速的PMEMDmake clean
./configure -cuda gnu
make install
make test
7.本人习惯...按需要将相关文件复制到/usr/local/amber12下,重新定义路径,源文件夹make clean(此步骤可不做,路径怎么适合你怎么来)

川大-灰太狼 发表于 2015-6-30 10:08:51

请问这个方法是否亲自测试过呢?

winterhell 发表于 2015-6-30 16:30:00

亲测过两次了,都没问题
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