sunnyboyluan 发表于 2015-6-16 16:32:49

LeadIT对接

两个问题，请问用LeadIT对接，怎么选择对接位点。 第二个问题是，输入化合物库的时候，怎么只能选择前1000个化合物。谢谢大家

川大-灰太狼 发表于 2015-6-17 10:14:38

1、LeadIT中有3种方式来选择活性位点，请见下图红框。第一种方式就是根据复合物中已有配体来定义活性位点；
第二种是通过点击右边蛋白上的原子，自定义活性位点；
第三种则是通过导入活性位点的选择规范来定义活性位点。
前2种是常用的方法！



2、LeadIT在界面中操作，考虑到导入大量的分子会导致软件卡死，因此设置在界面操作时候只能一次导入最多1000个分子进行对接。
如果你想做大批量的虚拟筛选，有两种方法：
（1）使用KNIME软件，并安装LeadIT插件，这样可以使用工作流的方式来进行虚拟筛选，这样LeadIT就不用打开界面可以在后台运行，可以处理任何大小的分子库了，非常方便。
（2）通过界面操作准备好蛋白，然后在Linux系统下面使用命令进行LeadIT中FlexX的对接操作，也可以处理任何大小的分子库了。



sunnyboyluan 发表于 2015-6-17 21:15:51

川大-灰太狼 发表于 2015-6-17 10:14
1、LeadIT中有3种方式来选择活性位点，请见下图红框。第一种方式就是根据复合物中已有配体来定义活性位点； ...

谢谢灰太狼兄的指点 真是高人啊

sunnyboyluan 发表于 2015-6-17 21:45:14

再请问灰太狼兄一个问题 你所说的KNIME软件是图片中的这个吗？谢谢

sunnyboyluan 发表于 2015-7-23 22:25:00

川大-灰太狼 发表于 2015-6-17 10:14
1、LeadIT中有3种方式来选择活性位点，请见下图红框。第一种方式就是根据复合物中已有配体来定义活性位点； ...

再请问灰太狼兄一个问题 你所说的KNIME软件是图片中的这个吗？谢谢
C:\Users\Yepeng\Desktop\QQ鍥剧墖20150617093751

麦客 发表于 2016-3-9 10:39:52

第二种和第三种具体怎么做啊

WLQ 发表于 2017-4-1 11:59:41

麦客 发表于 2016-3-9 10:39
第二种和第三种具体怎么做啊

现在有了第四种，根据大数据和经验，自动寻找活性位点，
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