Linux系统Centos7下安装Pymol
群里的朋友有问到如何在Centos7下安装pymol,这里参考Pymol Wiki里面的安装方法,总结出常用的两种,以便大家参考。方法1:先安装EPEL源,然后从这个源中yum安装pymol,此安装最简便。Pymol Wiki里面写的是Centos6(32位)的安装方法,Centos7的就变化一下,如下。rpm -i http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/fedora/epel/7/x86_64/e/epel-release-7-5.noarch.rpm
yum --enablerepo=epel install pymol
方法2:先安装软件需要的依赖包,然后下载pymol并安装。此方法是最可靠的安装方法,适用于Centos5,6,7以及以后的版本,Fedora也适用,Redhat企业版也适用。
(1)安装Pymol的依赖包
yum install subversion gcc gcc-c++ kernel-devel python-devel tkinter python-pmw glew-devel freeglut-devel libpng-devel freetype-devel libxml2-devel
(2)下载最新版的Pymol
svn co svn://svn.code.sf.net/p/pymol/code/trunk/pymol
(3)如果是Centos7系统,还需要手动安装Python的Pmw,此步骤自己解决,如果遗漏没有安装则Pymol只出来一个界面窗口,没有GUI的命令操作窗口。
(4)Pymol编译安装
pymol文件夹中建立一个bioms文本文件,把下面的命令拷贝到这个文件里面,保存。然后使用chmod 777 bioms让此文件变为可执行文件。
#!/bin/bash -e
prefix=/usr/local/pymol
modules=$prefix/modules
# enable c++11
export CPPFLAGS="-std=c++0x"
python setup.py build install \
--home=$prefix \
--install-lib=$modules \
--install-scripts=$prefix
然后在终端输入./bioms进行Pymol的编译和安装。
本贴参考的Pymol Wiki 安装方法:
http://www.pymolwiki.org/index.php/Linux_Install
补充一点,切勿直接到http://sourceforge.net/上下载,因为上边的版本bug可能比较多
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