laoman 发表于 2015-8-19 09:22
楼主可以把你的gold.conf文件的文本贴出来，大家一看就明白了
gold.conf文件的文本是哪个啊？
laoman 发表于 2015-8-19 09:22
楼主可以把你的gold.conf文件的文本贴出来，大家一看就明白了
这是list文件。
# File containing a listing of the fitness of the top-ranked
# individual for each ligand docked in GOLD.
#
# Format is:
#
# Score S(PLP) S(hbond) DE(clash) DE(tors) intcor time File name Ligand name
-39.53 42.00 0.00 0.00 0.72 ---- 1.775 './gold_soln_BBP-NEW-add-h_m2_1.mol2' 'BBP00980CAS1260-05-5'
-13.19 15.45 0.00 0.00 1.29 ---- 2.538 './gold_soln_BBP-NEW-add-h_m3_2.mol2' 'BBP60054CAS959860-49-2'
47.89 -42.09 0.00 0.00 1.08 ---- 2.096 './gold_soln_BBP-NEW-add-h_m9_1.mol2' 'BBP00986CASN'
24.40 -19.89 0.00 0.00 0.66 ---- 4.846 './gold_soln_BBP-NEW-add-h_m4_2.mol2' 'BBP00981CAS659747-28-1'
栀子花开 发表于 2015-8-19 15:34
这是list文件。
# File containing a listing of the fitness of the top-ranked
# individual for each...
这是bestranking.lst文件吧，看这个也没什么用啊，只有看参数文件（gold.conf），才知道哪里可能出问题了。
这个lst文件也有点奇怪，GOLD的DE（clash）为0,GOLD对接一般这个值都不是空的吧？
栀子花开 发表于 2015-8-19 11:02
gold.conf文件的文本是哪个啊？
vi一下对接目录下的gold.conf文件
laoman 发表于 2015-8-19 19:05
vi一下对接目录下的gold.conf文件
找到了，但是这里发不了文件，能不能加你qq发给你？
栀子花开 发表于 2015-8-20 11:54
找到了，但是这里发不了文件，能不能加你qq发给你？
kib的zuo课题组，牛人也多呀，问问他们呀
那更方便解决
药化神龙 发表于 2015-8-21 11:15
kib的zuo课题组，牛人也多呀，问问他们呀
那更方便解决
我就在这个课题组，问了他们，都不知道。
栀子花开 发表于 2015-8-23 11:45
我就在这个课题组，问了他们，都不知道。
左老板是资深的，用这软件多年，经验丰富啊
我装了个Gold 3.0.1破解版的，想问一下版主有教程之类的东西可以提供吗，没有接触过分子对接方面的东西，还请多多指教，不胜感激！
请问版主，大概看了下gold的说明书，但是有两点没有太明白：1.在蛋白文件包含水的情况下不指定水的信息，水最终是否被识别了？2.金属的信息一定要指定吗？是否有缺省值？