墨竹晓风 发表于 2012-11-14 10:26:25

对接前使用ADT准备蛋白质出错

本帖最后由 墨竹晓风 于 2012-11-14 10:42 编辑

蛋白质从PDB下载之后，使用DS补全残基，并加上全H，放入到ADT中加G电荷，保存为pdbqt文件
但是出错，提示如下

另请教，对接前对蛋白和小分子的处理具体应该是怎么样的。我是对蛋白和受体加极性H，然后都加G电荷。其他战友怎么做的呢？谢谢

川大-灰太狼 发表于 2012-11-14 10:32:35

出现这种问题是因为你在保存前没有给所有原子匹配AD原子类型。

解决方法：Edit--Atoms--Assign AD4 type然后就可以顺利保存了。

墨竹晓风 发表于 2012-11-14 10:42:20

川大-灰太狼 发表于 2012-11-14 10:32 static/image/common/back.gif
出现这种问题是因为你在保存前没有给所有原子匹配AD原子类型。

解决方法：Edit--Atoms--Assign AD4 type   ...

谢谢狼哥，问题以解决。另外，对蛋白质需要merge 非极性H吗？只保留极性H。

川大-灰太狼 发表于 2012-11-14 12:23:40

墨竹晓风 发表于 2012-11-14 10:42 static/image/common/back.gif
谢谢狼哥，问题以解决。另外，对蛋白质需要merge 非极性H吗？只保留极性H。 ...

正确的步骤是：1、加全部氢；2、加电荷；3、合并非极性氢。 自己想想为什么：）

hinry_jay 发表于 2012-11-15 21:15:23

对头的，狼哥说得对，加G电荷前必须加所有的氢，包括非极性的氢！

xufund 发表于 2012-12-21 19:39:58

楼主，请问怎么补全残基？能详细说说吗？除了DS还有什么免费软件？谢谢
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