aptor123 发表于 2015-3-20 15:28:01

动力学中小分子参数设置

有哪位大神用过amber跑动力学，小分子带有共价键参数怎么设置

lrf1980 发表于 2015-3-21 06:46:20

没有明白，有机分子不都是共价键连接的么？

aptor123 发表于 2015-3-26 09:41:05

lrf1980 发表于 2015-3-21 06:46
没有明白，有机分子不都是共价键连接的么？

我是说，小分子中的双键与蛋白中的残基形成共价键，比如小分子的双键与Cys中的SH形成共价键。这种情况动力学参数应该怎么设置

逍遥的猫科动物 发表于 2015-3-26 09:54:49

看这个教程http://anusf.anu.edu.au/collaborations/amber_on_fujitsu/amber-12/tutorial/nonstandard-setup/index.html

aptor123 发表于 2015-3-26 11:19:26

逍遥的猫科动物 发表于 2015-3-26 09:54
看这个教程http://anusf.anu.edu.au/collaborations/amber_on_fujitsu/amber-12/tutorial/nonstandard-setu ...

谢谢:lol

aptor123 发表于 2015-3-29 22:03:07

aptor123 发表于 2015-3-26 11:19
谢谢

我还想问问，在这个教程中它的PDB文件是怎么处理的，特别是对于1cgh-mod2.pdb是怎么得到的，我没看明白，而且它也没写具体步骤

逍遥的猫科动物 发表于 2015-4-8 22:03:11

aptor123 发表于 2015-3-29 22:03
我还想问问，在这个教程中它的PDB文件是怎么处理的，特别是对于1cgh-mod2.pdb是怎么得到的，我没看明白， ...

1cgh-mod2.pdb这个文件可以用PyMol来得到，删去所有氢原子和离蛋白质3埃以上距离的水分子。我觉得这个教程还是挺清楚明白的，只是需要你有些基础。如果你觉得有困难，说明你欠缺基础知识。建议从AMBER官网教程练起。
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