hongyibaixue 发表于 2015-3-15 21:00:57

md结果分析协方差矩阵的疑惑

指令为g_covar -s md.tpr -f md.xtc -o eigenvalues.xvg -v eigenvector.trr -xpma covar.xpm
疑惑①,为什么输入完上述指令,选C-alpha在终端显示“段错误,核心已转储”?我百度了一下,但是没解决,大神指点一下;
疑惑②,上述指令可以生成covar.xpm 和 eigenvector.trr ,但是生成的eigenvalues.xvg文件里面 为什么没有数据?只有350字节,几乎没有内容。eigenvalues.xvg的所有内容展示如下:
# This file was created Sun Mar 15 20:06:12 2015
# by the following command:
# g_covar -s md.tpr -f md.xtc -o eigenvalues.xvg -v eigenvectors.trr -xpma covar.xpm
#
# g_covar is part of G R O M A C S:
#
# GRowing Old MAkes el Chrono Sweat
#
@    title "Eigenvalues of the covariance matrix"
@    xaxislabel "Eigenvector index"
@    yaxislabel "(nm\S2\N)"
@TYPE xy

hongyibaixue 发表于 2015-3-16 10:46:36

不好意思我的提问里面没说清楚。其实疑惑①,是在我使用台式机的时候出现的“段错误,核心已转储”。然后 我换成笔记本输入协方差矩阵的指令之后,并没有提示“段错误,核心已转储”这个信息,但是生成的eigenvalues.xvg文件里面 为什么没有数据?这就是疑惑②。请指点一下

yuyuqi 发表于 2015-3-16 11:07:51

把轨迹下下来,用VMD看一下有没有问题

hongyibaixue 发表于 2015-3-22 18:39:27

最近在KTH-leos大神的帮助下,已经解决了eigenvalues.xvg文件中没有生成数据的问题。现在自己回答自己的问题,好帮助更多的人。需要说明的是    上面的疑惑②中的问题 是 在gromacs-4.6.6版本中出现的。同样的xtc文件和tpr文件在gromacs-5.0以上的版本中就可以生成eigenvalues.xvg中的数据,说明 可能是版本的问题?这个 就不得而知了,反正换了GMX版本就可以解决了
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