如何查找特定种类酶抑制剂的小分子片段或R基团？
药物分子设计中，为了避免盲目的设计，能不能根据某一类酶，比如三氟甲基酮类化合物设计为丝氨酸蛋白酶抑制剂（有机药物化学原著第二版5.4.4.4节），有没有一些数据库可以方便的尽可能的查到这些所需的特定结构呢？还请各位大神不吝赐教！
附有机药物化学电子版：The Organic Chemistry of Drug Design and Drug Action（2013）及国外药学专著译丛13-有机药物化学(原著第2版)(郭宗儒主译)链接: http://pan.baidu.com/s/1gdla3Dp 密码: 60bm lx想做的大概是活性结构的拓展吧也是药物设计中的一个十分常见的问题
我个人觉得有两个可行思路：
1.虚拟筛选
就是从化合物库中筛选有潜在活性的分子 可以到一些数据库用相似性搜索 或者亚结构搜索找到包含相似/相同亚结构的化合物进行筛选
推荐用ZINC啦 方便快捷 一步到位 这么筛的优点在于化合物比较易得 基本不存在合成上重大挑战
2.de novo设计
从头设计就是人为生成虚拟的分子 lz可以尝试一些碎片药物设计方法 将要保留的结构当做core（活性碎片）
通过expand（碎片拼接）做成虚拟分子 然后再通过打分函数来给虚拟分子打分 这个思路的优点在于结构
搜索空间更广泛 缺点在于某些命中化合物可能比较难以合成
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pesticide_ccnu 发表于 2015-3-17 10:15
lx想做的大概是活性结构的拓展吧也是药物设计中的一个十分常见的问题
我个人觉得有两个可行思路：
多谢你的耐心解答，我记得以前看到过类似的网站，可以下载到各种酶的抑制剂sdf文件，zinc数据库的小分子能不能按照靶标分类呢？恕我无知，好像zinc数据库的都是压缩包，没有具体的分类吧？ de novo设计个人感觉对药化知识要求比较高，请问基于片段的分子设计有没有推荐的免费软件呢？ 本帖最后由 pesticide_ccnu 于 2015-3-17 11:26 编辑
zinc里面好像不能按照靶标分类 但是zinc里并不只有筛选库可以下 也可以将搜索的结果保存下来 基于片段的设计可以尝试下autogrow2.0 ligbuilder 等软件 还有像ligmerge等
也可以尝试下 e-lead3d服务器 (http://chemoinfo.ipmc.cnrs.fr/) 和 我们课题组正在完善的AUTO_PFVS 服务器 （http://chemyang.ccnu.edu.cn/AUTO_PFVS/index.php） pesticide_ccnu 发表于 2015-3-17 10:59
zinc里面好像不能按照靶标分类 但是zinc里并不只有筛选库可以下 也可以将搜索的结果保存下来 基于片段的设 ...
非常感谢，我试试，有不懂得再请教 guod111 发表于 2015-3-17 11:26
非常感谢，我试试，有不懂得再请教
您好，我也是刚学习模拟的，想请问怎么从ZINC筛选化合物， hermes0220 发表于 2015-4-17 10:48
您好，我也是刚学习模拟的，想请问怎么从ZINC筛选化合物，
有骨架的话可以在线基于相似性搜索保存搜索结果，用来筛选，也可以挑选一个数据库文件下载，然后药效团匹配，对接
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