wangrui012 发表于 2015-3-3 20:53:08

Amber做MD的速度问题

各位前辈，小弟用Amber软件做MD，每天只能做几百ps,我每次提交任务只占用一个核，请问有没有多个核并行的方法，或者其他提高MD速度的方法？请各位大神指教，小弟感激不尽！！！

lrf1980 发表于 2015-3-23 20:41:59

light 发表于 2015-3-23 17:08
借此贴求助，我已经装了并行版的amber，为什么在sander运算的时候，还是只用了一个核，是需要什么命令引 ...

mpirun -np 8 sander.mpi?

川大-灰太狼 发表于 2015-3-3 21:21:18

Amber的并行需要用并行软件编译，如OpenMPI，MPICH2. 其次，如果是cpu跑amber的MD肯定很慢，希望最快的提升，就是添加一块GPU，请看我以前写的帖子 http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=1014&extra=page%3D1

syjohn 发表于 2015-3-4 09:13:00

你只占用1个核速度肯定上不去，建议换GPU，或者cpu并行

墨竹晓风 发表于 2015-3-11 16:00:04

1 安装软件openmpi，并编译并行版的AMBER，多核并行；
2 安装硬件GPU，使用运算显卡可以极大提高速度；
3 或者更换动力学软件，Gromacs

light 发表于 2015-3-23 17:08:15

墨竹晓风 发表于 2015-3-11 16:00
1 安装软件openmpi，并编译并行版的AMBER，多核并行；
2 安装硬件GPU，使用运算显卡可以极大提高速度；
3...

借此贴求助，我已经装了并行版的amber，为什么在sander运算的时候，还是只用了一个核，是需要什么命令引导吗，求前辈指点

light 发表于 2015-3-23 20:56:30

lrf1980 发表于 2015-3-23 20:41
mpirun -np 8 sander.mpi?

果然是大神啊，可以了。
mpirun -np 8 sander 后面正常输入命令就可以了。
感谢！
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