dongdawn 发表于 2015-1-28 15:16:48

cluster聚类分析

关于聚类，大家都是怎么做的？有没有具体的流程和自己的心得呢？

北京-构效 发表于 2015-1-28 16:56:57

看你要做哪方面的聚类？活性，相似性，不相似性，药效团，ADME？

不经意间的呐喊 发表于 2015-1-29 09:03:25

是指G_cluster聚类分析吗？

dongdawn 发表于 2015-1-31 12:43:59

北京-构效 发表于 2015-1-28 16:56
看你要做哪方面的聚类？活性，相似性，不相似性，药效团，ADME？

结构，比如说我有9个初始构象，都跑了50ns的md，对9条轨迹中 的所有结构进行聚类，看看哪些结构占的比例高。

dongdawn 发表于 2015-1-31 12:46:58

不经意间的呐喊 发表于 2015-1-29 09:03
是指G_cluster聚类分析吗？

我现在有9条轨迹应该怎么用g_cluster聚类呢？是先把每条轨迹的每一针的构象输出来cat成一个总的pdb文件在聚类吗？cat *.pdb > all/all.pdb
gmx cluster -f all.pdb -s all.pdb -cutoff 0.4 -cl
这样对吗？

yuyuqi 发表于 2015-2-12 12:58:17

可以用MMTSB tool的kclust命令，网上有教程

冷血 发表于 2020-5-1 09:21:32

我有个问题cluster的cutoff怎样设置呢？根据什么来设置呢？
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