g_mmpbsa结果讨论
van der Waal energy = -240.118 +/- 18.741 kJ/mol
Electrostattic energy = -3204.902 +/- 79.035 kJ/mol
Polar solvation energy = 1051.308 +/- 41.322 kJ/mol
SASA energy = -24.182 +/- 0.938 kJ/mol
Binding energy = -2417.894 +/- 58.186 kJ/mol求问各位大神，这个结果如何，算不算正常？能否用于发文章？
#Complex Number: 1
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SUMMARY
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van der Waal energy = -254.719 +/- 63.394 kJ/mol
Electrostattic energy = 20.439 +/- 18.627 kJ/mol
Polar solvation energy = 168.348 +/- 40.091 kJ/mol
SASA energy = -15.617 +/- 4.065 kJ/mol
SAV energy = 0.000 +/- 0.000 kJ/mol
WCA energy = 0.000 +/- 0.000 kJ/mol
Binding energy = -81.550 +/- 33.891 kJ/mol
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END
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我这个结果呢····感觉好弱····· fanc232 发表于 2015-1-26 09:24
您好，借此贴向您请教一下：各种作用的计算结果是否合理，这个是如何判断的，是按照文献上的计算结果来判 ...
你可以对比一下amber 自由能的计算。gromacs这个工具发文章用的不是很多。你的是什么体系？如果是蛋白配体体系的话一般结合能不会这么大的。你可以看看你APBS软件参数运算的设置。再结合文献。 不经意间的呐喊 发表于 2015-1-25 09:32
是配体和受体的结合自由能吗？静电作用和极性溶剂化作用不正常。
是小分子配体和蛋白的结合能。正在想该怎么解决呢。我记得我之前在生成蛋白topology的时候，在pdb2gmx这一步用了-ignh, 不知道会不会是这个原因，蛋白的氢多了？ 是配体和受体的结合自由能吗？静电作用和极性溶剂化作用不正常。 不经意间的呐喊 发表于 2015-1-25 09:32
是配体和受体的结合自由能吗？静电作用和极性溶剂化作用不正常。
您好，借此贴向您请教一下：各种作用的计算结果是否合理，这个是如何判断的，是按照文献上的计算结果来判断吗？ 不经意间的呐喊 发表于 2015-1-26 09:55
你可以对比一下amber 自由能的计算。gromacs这个工具发文章用的不是很多。你的是什么体系？如果是蛋白配 ...
我的是蛋白质-配体的体系。谢谢您的指点！:) light 发表于 2015-1-27 11:47
是小分子配体和蛋白的结合能。正在想该怎么解决呢。我记得我之前在生成蛋白topology的时候，在pdb2gmx这 ...
不是这个原因。你做了他给了教程了吗？你对比下 不经意间的呐喊 发表于 2015-1-27 19:36
不是这个原因。你做了他给了教程了吗？你对比下
教程还没有做，我想先用IC50算下理论结合自由能，请问您知道ΔGbind = RT ln（IC50）里面R、T和IC50应该怎么取值吗？ kangsgo 发表于 2015-10-31 19:06
#Complex Number: 1
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你这结果我感觉挺好的呀，为什么你说弱呢？？？主作用的范德华力数据也还可以啊。。。
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