雨枫 发表于 2012-11-12 14:42:30

如何看待docking后的minimization

   用DS的CDOCKER docking,模型评估显示模型可用,用minimization做了优化,分析了一下优化前后的相互作用图,如下


相互作用力不一样呀,该采用优化前的模型还是优化后的模型呢?

   谢谢

北京-构效 发表于 2012-11-12 16:19:56

这个怎么活性位点都变了?

川大-灰太狼 发表于 2012-11-12 16:23:12

一般来说,应该是采用优化后的构象。优化后小分子与蛋白的结合作用力更好。

不过你的小分子有两个羧基,为什么一个电离,另外一个不电离?

雨枫 发表于 2012-11-12 18:41:33

北京-构效 发表于 2012-11-12 16:19 static/image/common/back.gif
这个怎么活性位点都变了?

是呀是呀,所以很疑惑

雨枫 发表于 2012-11-12 18:43:35

川大-灰太狼 发表于 2012-11-12 16:23 static/image/common/back.gif
一般来说,应该是采用优化后的构象。优化后小分子与蛋白的结合作用力更好。

不过你的小分子有两个羧基,为 ...

什么意思?不都是电负性吗?

川大-灰太狼 发表于 2012-11-12 20:45:46

雨枫 发表于 2012-11-12 18:43 static/image/common/back.gif
什么意思?不都是电负性吗?

一般对接前都要对小分子进行处理!包括分子的手性、立体异构体、湖边异构体、电荷(电离情况)等。

雨枫 发表于 2012-11-13 15:29:39

川大-灰太狼 发表于 2012-11-12 20:45 static/image/common/back.gif
一般对接前都要对小分子进行处理!包括分子的手性、立体异构体、湖边异构体、电荷(电离情况)等。 ...

我没有处理呀,直接从pdb下载下来,赋予立场就对接了,应该怎么处理呢?

川大-灰太狼 发表于 2012-11-13 16:19:30

雨枫 发表于 2012-11-13 15:29 static/image/common/back.gif
我没有处理呀,直接从pdb下载下来,赋予立场就对接了,应该怎么处理呢? ...

你如果使用的是DS,看看DS的相关资料,都有配体预处理的。当然要看你是想解决的什么问题,如果是重对接,那么可以不用管,使用晶体结构里面的就行了。

雨枫 发表于 2012-11-13 16:30:46

川大-灰太狼 发表于 2012-11-13 16:19 static/image/common/back.gif
你如果使用的是DS,看看DS的相关资料,都有配体预处理的。当然要看你是想解决的什么问题,如果是重对接, ...

好的,谢谢哦

恒等式 发表于 2014-6-14 21:37:38

这个图是怎么做的
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