肖云天 发表于 2014-12-26 10:08:01

复合物yasara运行MD时报错

今天试用yasara跑复合物的MD（300多氨基酸的蛋白加六糖小分子），在加完立场之后，运行pka prediction提示报错，附图。哪位大神帮忙解决下。谢谢

肖云天 发表于 2014-12-30 16:21:55

问题已解决啦。我自己来回答下吧。将重复的糖环交联原子选中之后，点击右键，split, atoms. 就OK了。。。

川大-灰太狼 发表于 2014-12-30 17:33:04

嗯，是这个方法，yasara里面设置了糖环的立场的，这样做的好处是可以支持多糖，不用去为每个糖准备一个立场！

感觉yasara跑蛋白和糖的MD如何？

肖云天 发表于 2014-12-30 17:43:40

上手超级快啊;P再也不同担心糖的立场而繁琐准备小分子文件啦，强烈推荐啊
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