lrf1980 发表于 2014-12-1 09:31:12

CentOS6.5下并行Charmm的安装

测试系统:CentOS 6.5
需要的并行编译器:MPICH2

首先到MPICH2的网站去下载MPICH2并安装
www.mpich.org/downloads/

我下载的是mpich-3.1.3 这个包,然后解压缩安装。安装成功后就可以开始装charmm了。

下载到charmm后,解压缩到指定目录,然后进入charmm缩在目录,在终端中输入:./install.com gnu xxlarge M MPICH

gnu, 表示linux系统,xxlarge表示你需要charmm能给你处理的蛋白质大小,有好几种选择,可以看看说明,或者在终端运行./install.com查看相关的参数说明。 M MPICH, M表示并行,MPICH表示的是并行编译器。

这个时候安装程序就问并行程序相应的库所在的目录:
第一个:/usr/local/include, 第二个:/usr/local/lib

然后开始编译,如果成功了,应该在exec这个目录里可以看到gnu_M目录,在该目录里有编译生成的charmm程序。

一般的charmm运行命令: charmm <*.inp> *.out
并行charmm运行命令: mpirun -np xx charmm <*.inp> *.out
xx 表示的是使用的cpu核数,好像推荐用2的倍数

这样并行的charmm基本安装完成。可以运行了,为了确保所有功能都能实现,可以去运行一下test目录里对应版本的inp文件进行测试。

有问题站内联系。希望大家能成功用charmm来实现自己的动力学模拟


xpyp 发表于 2014-12-1 23:20:29

多谢!能补充下mpich的安装就更好了!
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