zhangmao511 发表于 2014-11-25 10:24:05

Gromacs模拟中位置限制性模拟的问题！！

有个问题想向大家请教一下，关于Gromacs的位置限制性模拟，我在网上看到有2种protocl.Protocl A 是在能量最小化后，先进行位置限制性模拟（位置限制性模拟需要将温度和压强耦合都打开吗？？），再进行非限制性的NVT，接着进行非限制性的NPT，最后进行production MD.

Protocl B是在能量最小化后，进行限制性的NVT100皮秒，再进行限制性的NPT 100皮秒，最后进行productionMD.

这2种Protocl，有没有实质性的区别呢？还是说其实是一样的效果？分别用这2种Protocl会会使最后的production MD产生不同的结果吗？谢谢！

天理-小新 发表于 2014-11-25 20:41:07

首先，这是常规模拟，还谈不上限制性模拟。 这两种方法的实质是一样的，就是在进行production MD前，使得体系达到平衡。只是过程中稍有区别。只要能使体系达到平衡，这两种方法都行。个人认为第一中方法比较严格，而第二中方法是目前大多数文献普遍采用的方法。

zhangmao511 发表于 2014-11-26 09:38:40

那你说的限制性模拟，指的是什么呢？
谢谢

zhangmao511 发表于 2014-11-26 09:39:18

天理-小新 发表于 2014-11-25 20:41
首先，这是常规模拟，还谈不上限制性模拟。 这两种方法的实质是一样的，就是在进行production MD前，使得体 ...

那你说的限制性模拟，指的是什么呢？
谢谢

天理-小新 发表于 2014-11-28 10:33:12

zhangmao511 发表于 2014-11-26 09:39
那你说的限制性模拟，指的是什么呢？
谢谢

主要是在整个模拟，过程包括productionMD也进行限制。在一些特殊情况下，比如限制距离，二面角，异构等。至于什么情况下限制距离，二面角，异构等，这个就不必往下问了。可事先查阅文献，调研之后再论。

zhangmao511 发表于 2014-11-28 15:21:30

天理-小新 发表于 2014-11-28 10:33
主要是在整个模拟，过程包括productionMD也进行限制。在一些特殊情况下，比如限制距离，二面角，异构等。 ...

好吧，确切的说，应该叫位置限制性平衡。。
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