whlei 发表于 2014-11-18 14:44:51

用GPU做Heating报错 amber14

当输入pmemd.cuda -O -i 02_Heat.in -o 02_Heat.out -p prmtop -c 01_Min.rst -inf 02_Heat.mdinfo命令按回车后，10秒后弹出error：unspecified lauch failure launching kernel kClearForces
                                  cudaFree GpuBuffer::Deallocate failed unspecified launch failure
我蛋白原子个数大概有1734个; solvation 10 angstrom; 加了两个负电荷neutralization;
01_Min.in参数设置为
Minimize
&cntrl
imin=1, ntx=1, irest=0, maxcyc=10000,ncyc=5000, ntpr=100, ntwx=0, cut=8.0
还请大侠赐教

whlei 发表于 2014-11-19 08:41:25

求回复啊

一醉解清风 发表于 2014-11-24 13:25:25

求amber4服务器安装出现bug，求指点

天理-小新 发表于 2014-11-25 14:31:42

加热以及加热之前的步骤，最好用CPU进行。

天理-小新 发表于 2014-11-25 14:35:39

一醉解清风 发表于 2014-11-24 13:25
求amber4服务器安装出现bug，求指点

一步步安装，从serial，到parallel，再到GPU，paralle GPU，应该不会有多大问题。安装完后，做些模拟试试，不影响你使用的bug可以忽略。

coolben 发表于 2014-12-16 21:28:59

蛋白结构在计算前要优化，比如用sybyl优化后在用来amber处理并MD，这样的话就不会有这个错误了。
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