yongtianqiao 发表于 2014-11-11 16:43:45

在autodock中怎么完成水分子选择性保留

在autodock中怎么完成水分子部分保留，比如蛋白1FIQ中，The A- and B-chains of the protein and all small molecules were removed except for the two structural waters, Wat176 and Wat196, at the active site.

川大-灰太狼 发表于 2014-11-12 12:07:31

Autodock目前还没有考虑水分子对接的功能，如果你要做考虑水分子的对接，可以推荐你使用分子对接软件FlexX，是德国药物设计BiosolveIT公司LeadIT药物设计软件中的一个分子对接模块。可以从www.biosolveIT.de 去申请7-30天的免费试用，他们比较nice，不要求一定要学术邮箱，一般的邮箱就行。
关于FlexX分子对接软件，可以从Bioms旗下的分迪科技有限公司，这里去了解：www.moldesigner.com


浪模拟 发表于 2014-11-13 09:10:07

川大-灰太狼 发表于 2014-11-12 12:07
Autodock目前还没有考虑水分子对接的功能，如果你要做考虑水分子的对接，可以推荐你使用分子对接软件FlexX ...

唉，三十天算不完咋弄

浪模拟 发表于 2014-11-13 09:13:09

川大-灰太狼 发表于 2014-11-12 12:07
Autodock目前还没有考虑水分子对接的功能，如果你要做考虑水分子的对接，可以推荐你使用分子对接软件FlexX ...

还有就是，如果把水分子圈到grid box中去也不能把水的作用计算进去吗？

川大-灰太狼 发表于 2014-11-13 09:44:40

浪模拟 发表于 2014-11-13 09:13
还有就是，如果把水分子圈到grid box中去也不能把水的作用计算进去吗？

Autodock目前的打分函数还不支持考虑水分子。

浪模拟 发表于 2014-11-13 10:13:14

川大-灰太狼 发表于 2014-11-13 09:44
Autodock目前的打分函数还不支持考虑水分子。

不是单独的考虑水分子，但是在计算每个原子的map的时候，会不会把box中的水作为口袋的一部分去计算能量？

川大-灰太狼 发表于 2014-11-14 12:51:54

不会，Autodock只会把水分子当作氧原子，因为是单独的，这个才是问题的所在。
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