临江仙 发表于 2014-11-10 11:01:37

YASARA分子对接模拟教程

    应阿里和狼哥的邀请，对于YASARA的分子对接教程进行了制作；YASARA是一款全新的、新手友好型分子模拟软件，其最大的优点之一就是，一键分子对接，对接模块目前支持改进版的AutoDock, AutoDock Vina, FlexX。对接流程简单，易操作，如教程编写中存在一些不足，还望大家指出，同时也希望教程能给您的科研工作带来一定的便利。谢谢！

lrf1980 发表于 2015-1-3 07:55:09

版主有空能写一个用yasara的MD来计算对接过程的结合自由能么？单纯对接给出来的都是一个打分，而不是真实的复合物形成的自由能。目前在MD的应用中，有很大一块是用MD来计算绝对的结合自由能用于过滤虚拟筛选中的假阳性结果。如果有这么一份教程，那就完美了：）

五支折断的箭 发表于 2019-10-29 17:27:02

各位前辈好，我现在还是小白一枚，:$我主要想问一下，想要用YASARA这个软件做分子动力学模拟时的电脑配置怎么样呢？谢谢了。

噗噗打大猫 发表于 2020-3-31 11:13:42

您好，我下载了yasara view, 发现没有simulation这个，免费版本菜单栏里面没有这个吗？

未央尊 发表于 2014-11-10 11:05:31

顶顶更健康

不经意间的呐喊 发表于 2014-11-10 12:06:47

可惜偶没买

川大-灰太狼 发表于 2014-11-12 09:07:55

支持原创：）呵呵

子男 发表于 2014-11-13 21:51:39

支持来学习来了

cuicaixia2010 发表于 2015-1-13 16:32:43

这个软件对接中会考虑小分子本身的电荷吗？

empyreal614 发表于 2015-1-29 17:54:19

谢谢分享~新手非常需要~

zwstudent 发表于 2015-3-19 19:01:16

学习一下

药化神龙 发表于 2015-4-10 12:44:24

谢谢分享~新手非常需要~
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