河外生命 发表于 2014-11-9 22:50:30

请问范德华力作用图如何做出来

我在一篇文献中看到可以将配体的范德华力作用范围显示出来，如图所示。请问在pymol里如何实现这个效果。请高手指点，谢谢！

河外生命 发表于 2014-11-12 10:08:14

自己顶一个，盼高手指点！

川大-灰太狼 发表于 2014-11-12 12:01:19

这是VDW表面的图，可以使用pymol做出来。
1、把蛋白、配体和残基分开，做成三个object。
2、显示蛋白的范德华表面（surface）。
3、以点图显示小分子的表面（surface）。
4、显示残基的表面（surface）,设置透明。

栀子花开 发表于 2015-8-31 16:35:59

楼主，按照上述的方法没做出来，可以详细介绍一下吗？
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