zhangmao511 发表于 2014-11-6 23:50:22

Gromacs模拟膜蛋白问题二

小弟在用Gromacs模拟膜蛋白遇到一些问题,请教一下大家,谢谢!!1.   我从网上DOWNLOAD到一个DPPC的膜,包含128个DPPC和3665个SPC水分子。我是直接拿过来上模拟呢,还是需要做先做一些处理呢(比如NPT,MD一下)?2.   就是,我从网上DOWNLOAD到的DPPC的膜只有128个DPPC分子,我觉得里面的DPPC分子少了,我想把膜的面积再铺大一些,具体的实施方法如何操作呢??

zhangmao511 发表于 2014-11-9 23:51:32

等待解答!!!!谢谢!!!

Katherine 发表于 2015-5-1 11:52:40

你好,我最近也在做这个。我想请问下,你是在Gromacs官网上下载的吗?我们下载的不一样呢,你这个是下载的哪一种,方便告知下吗?

Katherine 发表于 2015-5-1 11:55:35

zhangmao511 发表于 2014-11-9 23:51
等待解答!!!!谢谢!!!

我下载的是Gro96-53. 据说这些都是平衡好了的吧,不需要再进行处理了吧。
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