vina对接结果
vina对接出来的结果(pdbqt文件)导入到pymol或adt成这样了http://bioms.org/forum.php?mod=image&aid=1148&size=300x300&key=53c112a8785825b4&nocache=yes&type=fixnone{:soso_e153:},何解?MODEL 1
REMARK VINA RESULT: -7.7 0.000 0.000
REMARK7 active torsions:
REMARKstatus: ('A' for Active; 'I' for Inactive)
REMARK 1A between atoms: S_1andC_17
REMARK 2A between atoms: S_1andC_18
REMARK 3A between atoms: C_16andN_7
REMARK 4A between atoms: C_13andC_17
REMARK 5A between atoms: C_18andC_21
REMARK 6A between atoms: C_21andCA_24
REMARK 7A between atoms: CA_24andC_26
ROOT
ATOM 1O LIG d 1 23.767 5.36217.6280.000.00 -0.284 OA
ATOM 2O LIG d 1 25.293 5.70716.1740.000.00 -0.281 OA
ATOM 3O LIG d 1 24.639 4.03516.2000.000.00 -0.279 OA
ATOM 4C LIG d 1 24.311 5.86017.2570.000.00 0.150 A
ATOM 5C LIG d 1 24.704 5.42416.6770.000.00 0.261 A
ATOM 6C LIG d 1 24.403 4.65616.6890.000.00 0.276 A
ATOM 7C LIG d 1 23.825 4.61817.2760.000.00 0.213 A
ENDROOT
BRANCH 4 8
ATOM 8C LIG d 1 24.439 6.65617.4360.000.00 0.054 C
BRANCH 8 9
ATOM 9S LIG d 1 23.885 7.07217.8850.000.00 -0.131 SA
ATOM 10C LIG d 1 23.152 7.26617.5610.000.00 0.068 C
BRANCH 911
ATOM 11C LIG d 1 24.066 7.29418.6590.000.00 0.028 C
BRANCH1112
ATOM 12C LIG d 1 24.032 8.08918.8780.000.00 0.033 C
BRANCH1213
ATOM 13CALIG d 1 24.192 8.31019.6570.000.00 0.167 C
ATOM 14N LIG d 1 24.352 7.73320.2240.000.00 -0.142 N
BRANCH1315
ATOM 15C LIG d 1 24.191 9.10719.8680.000.00 0.231 C
ATOM 16O LIG d 1 24.793 9.60419.6020.000.00 -0.643 OA
ATOM 17OXT LIG d 1 23.589 9.40720.3460.000.00 -0.643 OA
ENDBRANCH1315
ENDBRANCH1213
ENDBRANCH1112
ENDBRANCH 911
ENDBRANCH 8 9
ENDBRANCH 4 8
BRANCH 718
ATOM 18N LIG d 1 23.381 3.95117.4780.000.00 -0.250 N
ATOM 19C LIG d 1 23.440 3.52718.1770.000.00 0.173 A
ATOM 20N LIG d 1 23.918 3.62218.8430.000.00 -0.205 NA
ATOM 21C LIG d 1 22.896 2.90818.1440.000.00 0.155 A
ATOM 22C LIG d 1 23.851 3.09719.4760.000.00 0.202 A
ATOM 23N LIG d 1 23.307 2.47719.4430.000.00 -0.202 NA
ATOM 24C LIG d 1 22.829 2.38318.7770.000.00 0.206 A
ATOM 25N LIG d 1 22.285 1.76418.7440.000.00 -0.125 N
ATOM 26N LIG d 1 22.505 2.95517.4240.000.00 -0.219 NA
ATOM 27C LIG d 1 22.804 3.59817.0140.000.00 0.186 A
ENDBRANCH 718
TORSDOF 7
ENDMDL 建议用openbabel转化一下格式在用pymol查看 jianchen7882 发表于 2014-10-20 08:27
建议用openbabel转化一下格式在用pymol查看
openbabel里面没有pdbqt格式,没法转啊 pymol对于pdbqt的格式阅读有问题,可以用openbable转换为其他格式的,如mol2格式。一般情况Autodock的结果是直接可以导入pymol看的。 川大-灰太狼 发表于 2014-10-20 10:32
pymol对于pdbqt的格式阅读有问题,可以用openbable转换为其他格式的,如mol2格式。一般情况Autodock的结果 ...
狼兄,有用过什么方法解决这个问题。除了用openbabel转换格式外。试过转换,转换后好看了些,但还是有问题。D:\Documents\Desktop\QQ图片20141020131850.jpg 狼兄,有用过什么方法解决这个问题。除了用openbabel转换格式外。试过转换,转换后好看了些,但还是有问题。 浪模拟 发表于 2014-10-20 13:21
狼兄,有用过什么方法解决这个问题。除了用openbabel转换格式外。试过转换,转换后好看了些,但还是有问题 ...
试过sdf,mol2,pdb都不行 你是转换为什么格式的了呢? 川大-灰太狼 发表于 2014-10-20 17:40
你是转换为什么格式的了呢?
将生成的pdbqt转换成sdf,mol2,pdb都试过,但是都还有错。我对接之前没有能量最小化,后来能量最小化试了之后结果没有错,但是不知道为什么不能量最小化就会出错。
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