浪模拟 发表于 2014-10-19 19:39:38

vina对接结果

vina对接出来的结果（pdbqt文件）导入到pymol或adt成这样了http://bioms.org/forum.php?mod=image&aid=1148&size=300x300&key=53c112a8785825b4&nocache=yes&type=fixnone{:soso_e153:}，何解？

浪模拟 发表于 2014-10-19 19:48:23

MODEL 1
REMARK VINA RESULT:      -7.7      0.000      0.000
REMARK7 active torsions:
REMARKstatus: ('A' for Active; 'I' for Inactive)
REMARK    1A    between atoms: S_1andC_17
REMARK    2A    between atoms: S_1andC_18
REMARK    3A    between atoms: C_16andN_7
REMARK    4A    between atoms: C_13andC_17
REMARK    5A    between atoms: C_18andC_21
REMARK    6A    between atoms: C_21andCA_24
REMARK    7A    between atoms: CA_24andC_26
ROOT
ATOM      1O   LIG d   1      23.767   5.36217.6280.000.00    -0.284 OA
ATOM      2O   LIG d   1      25.293   5.70716.1740.000.00    -0.281 OA
ATOM      3O   LIG d   1      24.639   4.03516.2000.000.00    -0.279 OA
ATOM      4C   LIG d   1      24.311   5.86017.2570.000.00   0.150 A
ATOM      5C   LIG d   1      24.704   5.42416.6770.000.00   0.261 A
ATOM      6C   LIG d   1      24.403   4.65616.6890.000.00   0.276 A
ATOM      7C   LIG d   1      23.825   4.61817.2760.000.00   0.213 A
ENDROOT
BRANCH   4   8
ATOM      8C   LIG d   1      24.439   6.65617.4360.000.00   0.054 C
BRANCH   8   9
ATOM      9S   LIG d   1      23.885   7.07217.8850.000.00    -0.131 SA
ATOM   10C   LIG d   1      23.152   7.26617.5610.000.00   0.068 C
BRANCH   911
ATOM   11C   LIG d   1      24.066   7.29418.6590.000.00   0.028 C
BRANCH1112
ATOM   12C   LIG d   1      24.032   8.08918.8780.000.00   0.033 C
BRANCH1213
ATOM   13CALIG d   1      24.192   8.31019.6570.000.00   0.167 C
ATOM   14N   LIG d   1      24.352   7.73320.2240.000.00    -0.142 N
BRANCH1315
ATOM   15C   LIG d   1      24.191   9.10719.8680.000.00   0.231 C
ATOM   16O   LIG d   1      24.793   9.60419.6020.000.00    -0.643 OA
ATOM   17OXT LIG d   1      23.589   9.40720.3460.000.00    -0.643 OA
ENDBRANCH1315
ENDBRANCH1213
ENDBRANCH1112
ENDBRANCH   911
ENDBRANCH   8   9
ENDBRANCH   4   8
BRANCH   718
ATOM   18N   LIG d   1      23.381   3.95117.4780.000.00    -0.250 N
ATOM   19C   LIG d   1      23.440   3.52718.1770.000.00   0.173 A
ATOM   20N   LIG d   1      23.918   3.62218.8430.000.00    -0.205 NA
ATOM   21C   LIG d   1      22.896   2.90818.1440.000.00   0.155 A
ATOM   22C   LIG d   1      23.851   3.09719.4760.000.00   0.202 A
ATOM   23N   LIG d   1      23.307   2.47719.4430.000.00    -0.202 NA
ATOM   24C   LIG d   1      22.829   2.38318.7770.000.00   0.206 A
ATOM   25N   LIG d   1      22.285   1.76418.7440.000.00    -0.125 N
ATOM   26N   LIG d   1      22.505   2.95517.4240.000.00    -0.219 NA
ATOM   27C   LIG d   1      22.804   3.59817.0140.000.00   0.186 A
ENDBRANCH   718
TORSDOF 7
ENDMDL

jianchen7882 发表于 2014-10-20 08:27:30

建议用openbabel转化一下格式在用pymol查看

浪模拟 发表于 2014-10-20 09:00:52

jianchen7882 发表于 2014-10-20 08:27
建议用openbabel转化一下格式在用pymol查看

openbabel里面没有pdbqt格式，没法转啊

川大-灰太狼 发表于 2014-10-20 10:32:33

pymol对于pdbqt的格式阅读有问题，可以用openbable转换为其他格式的，如mol2格式。一般情况Autodock的结果是直接可以导入pymol看的。

浪模拟 发表于 2014-10-20 13:20:20

川大-灰太狼 发表于 2014-10-20 10:32
pymol对于pdbqt的格式阅读有问题，可以用openbable转换为其他格式的，如mol2格式。一般情况Autodock的结果 ...

狼兄，有用过什么方法解决这个问题。除了用openbabel转换格式外。试过转换，转换后好看了些，但还是有问题。D:\Documents\Desktop\QQ图片20141020131850.jpg

浪模拟 发表于 2014-10-20 13:21:31

狼兄，有用过什么方法解决这个问题。除了用openbabel转换格式外。试过转换，转换后好看了些，但还是有问题。

浪模拟 发表于 2014-10-20 14:37:04

浪模拟 发表于 2014-10-20 13:21
狼兄，有用过什么方法解决这个问题。除了用openbabel转换格式外。试过转换，转换后好看了些，但还是有问题 ...

试过sdf，mol2，pdb都不行

川大-灰太狼 发表于 2014-10-20 17:40:26

你是转换为什么格式的了呢？

浪模拟 发表于 2014-10-20 18:46:35

川大-灰太狼 发表于 2014-10-20 17:40
你是转换为什么格式的了呢？

将生成的pdbqt转换成sdf，mol2，pdb都试过，但是都还有错。我对接之前没有能量最小化，后来能量最小化试了之后结果没有错，但是不知道为什么不能量最小化就会出错。
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