受体、配体文件格式如何标准化。
本帖最后由 浙医-中药筛选 于 2012-11-7 13:12 编辑先将本人的困扰提出：用PyRx 0.8中autodock vina做虚拟筛选和对接后，在记事本中将配体文件拷贝到受体文件的最后面。配体-受体对接图用Discovery studio visualizer 3.5看的，并且用DSV3.5做配体受体相互作用的2D图。在论坛中看到墨竹晓风的有关ligplus的帖子后，也想用它来做一做。问题出来了，配体受体对接对接文件在ligplus打开后，显示无配体。而在DSV3.5中是可以看到配体并做对配体进行操作的。就这问题，分别向墨竹晓风和阿里巴巴请教过，反馈意见是DSV出来的对接文件格式比较宽松，不是很标准，有的软件就不认识。并建议将配体文件中非HETATM开头的行删掉。我试着操作了，还是没得到结果，可能还是某个地方做的不对。上午找了蛋白质数据库格式说明书查看，洋洋洒洒60多页，抓不住要点。也将PDB受体文件单独找出来，进行比对，也查不出差异。那么问题就如题，不同软件出来的受体、配体文件如何看它们的区别啊？如何将它们格式标准化。重点在哪里？细节在哪里？请各位知无不言。如有可能，请拿附件中的例子做讲解。附件中是蛋白质数据库标准格式说明书。还有一份对接文件（因论坛不支持txt格式，所以拷贝到word）
根据你保存的分子pdb文件，经过一些步骤做出了下图。
为什么会出问题？
其实你保存的PDB文件其实是两个pdb文件，而非一个，这样的文件在DS，pymol中都可以打开，你会看到软件中显示的会有两个分子！
粘贴出来的文件并没有实现pdb复合物的形式！
建议解决方法：在sybyl或者其他软件中 把蛋白和小分子合并到一个文件！sybyl中是merge。然后保存为pdb文件。
附件中有做好的pdb文件，你比较后会发现：小分子部分和你直接粘贴的是不一样的。
PDB复合物的小分子都用：HETATM 6340 O UNK N 1 -21.749 -14.404 -22.302 1.00 0.00 O 然后最后都有连接原子：CONECT 6335 6330 6334
CONECT 6336 6334
CONECT 6337 6333
CONECT 6338 6328 6339 6340
CONECT 6339 6338
CONECT 6340 6338
MASTER 0 0 0 0 0 0 0 0 6333 7 52 66
END 以这样的结尾！
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