如何确定charmm力场参数
在namd计算过程用到了charmm的parameter文件但是有几个二面角没有
只能添加
可看到氨基酸类的注释里面关于DIHEDRALS是这样的
-------
DIHEDRALS
!V(dihedral) = Kchi(1 + cos(n(chi) - delta))
!Kchi: kcal/mole
!n: multiplicity
!delta: degrees
!atom types Kchi n delta
------------
实际结构的二面角在文献中已经给出
可是这里的Kchi、n、delta怎么确定呢？
还有角度里面是这样的注释
---------------
ANGLES
!V(angle) = Ktheta(Theta - Theta0)**2
!V(Urey-Bradley) = Kub(S - S0)**2
!Ktheta: kcal/mole/rad**2
!Theta0: degrees
!Kub: kcal/mole/A**2 (Urey-Bradley)
!S0: A
!atom types Ktheta Theta0 Kub S0
这里的Ktheta Theta0 Kub S0又是怎么设置的呢
小分子力场参数建议用PARAChem，CHARMM正宗嫡系开发的力场参数，与CHARMM蛋白力场参数兼容。力场参数不要混用。
当然了，PARAChem参数也有不合理的时候，如果对自己的参数有信心，按照CHARMM的二面角公式及CHARMM参数文件的格式把参数加进去即可。 支持楼上说法！
页:
[1]