hongyibaixue 发表于 2014-9-26 10:16:02

数据库中没有对应的PDB文件的蛋白可以做Gromacs分子动力学....

某蛋白质A的结构和功能未知，是一个新蛋白，在PDB数据库中没有晶体结构的文件，即没有PDB文件可以下载。      已知 A蛋白有一个同源性达到了50%以上的模板蛋白质B，那么我想问，根据Discovery 同源建模得到 蛋白质A的一个优化模型，保存为PDB格式之后。能不能用这个PDB文件来做gromacs分子动力学模拟？

jianchen7882 发表于 2014-9-26 10:27:30

跑动力学干什么啊，优化能量，应该是可以吧

不经意间的呐喊 发表于 2014-9-27 15:01:02

如果你建模是合理的话，是可以用来做动力学模拟的进一步分析的

zhangmao511 发表于 2014-11-7 00:14:04

应该是一致性50%吧，可以跑模拟

dongdawn 发表于 2014-12-9 22:45:34

知道序列可以先进行预测结构，对多个结构进行模拟
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